1、与昆明市自然资源和规划局职责分工

昆明市水务局负责昆明市地下水的统一管理和监督，昆明市自然资源和规划局负责昆明市地热水、矿泉水等地下水的有关矿产资源属性的管理。

2、与昆明市滇池管理局职责分工

昆明市滇池管理局按照《滇池水资源管理委托书》做好委托事项的有关工作。

3、与昆明市农业农村局职责分工

昆明市水务局负责大中型灌区干渠（干管）建设和管理。昆明市农业农村局负责农田水利建设项目管理职责和中低产田地改造以及高标准农田建设职责。