市交通运输局设4个内设机构：

（一）党委办公室

负责本系统政治思想工作和精神文明建设、党建工作及所属党的基层组织和党员的管理、理论学习和培训工作；负责局属单位的领导班子建设和干部队伍管理等工作；指导本系统工会、共青团、妇联工作；协调对外宣传和信息发布工作；承担局党委和纪委日常工作。

（二）行政办公室

负责文电、会务、机要、档案、计划生育、综合治理、机关后勤保障等工作；承担信息、安全、信访、政务公开、政务督查、建议和提案办理等工作；负责局机关及所属单位财政经费、专项资金及国有资产的管理、监督和内部审计工作；起草重要报告和综合性文件，负责综合协调及接待、服务等事务工作。

（三）综合运输管理科

负责综合运输体系建设，拟订并协调综合运输发展政策、规划、计划；负责交通运输行业综合统计、发展预测、经济运行分析和信息引导；负责运输市场监督和项目建设管理工作，组织制定道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范并监督实施；指导城乡客货运输管理、出租汽车行业管理；会同有关部门制定运输价格；组织重点物资运输和救灾、节日运输等紧急客货运输。负责全市交通运输行政执法、执法监督、行政诉讼、行政复议及交通法制宣传教育；负责交通运输行业环境保护、节能减排、安全生产监督管理及应急处置体系建设工作；指导全市交通运输行业体制改革。

（四）公路管理科

负责编制公路发展、建设、养护规划、中长期计划和年度计划并组织实施；监督有关公路建设工作政策法律、法规规章、强制性技术标准的执行，落实有关公路发展、建设、管理、监督、养护等政策和法律法规，并制定实施办法；负责公路建设市场监督管理，公路工程质量监督、工程定额、工程造价和工程招投标工作的行业管理；负责公路建设项目的立项、工程可行性研究等前期工作和项目储备工作；负责审查和审批公路工程施工图设计、预算、设计变更，组织或参与重点公路工程竣工验收工作；负责协调公路建设，参与或组织查处公路工程安全生产和质量事故；负责监督、检查、指导农村公路管理养护工作，监管农村公路养护资金使用；负责公路统计工作。