民国元年（1912年），南通纺织染传习所创办。

民国2年（1913年），定名为南通私立纺织专门学院。

民国17年（1928年），合并至南通大学纺织科。

民国19年（1930年），为私立南通学院纺织科。

民国26年（1937年），学校停办。

民国27年（1938年），学校复办。

1952年，全国院系调整，学校迁往上海组建华东纺织工学院（今东华大学）。

1957年8月至9月，在私立南通学院纺织科原址继续举办纺织教育，在唐闸职工子弟学校中招收两个棉纺专业班。

1958年，南通纺织企业纺织专科学校正式挂牌。

1959年，学校由厂办改为省办，并更名为南通纺织工业学校。

1961年，学校停止招生。

1964年，学校复办，校名为江苏省纺织技工学校；后更名为江苏省南通纺织技术学校。

1979年1月，学校更名为江苏省南通纺织工业学校，隶属于江苏省纺工局。

1999年，学校升格并更名为南通纺织职业技术学院，隶属于江苏省教育厅。

2006年，学校取得了全国高职高专人才培养工作水平评估优秀的成绩。

2007年，学校被确定为江苏省示范性高职院校建设单位。

2008年，学校被教育部、财政部确定为“国家示范性高等职业院校建设计划”立项建设院校。

2011年6月，学校通过验收成为国家示范性高职院校。

2014年5月，学校更名为江苏工程职业技术学院。

2018年，学校被确定为江苏省高水平高职院校建设单位。

2019年，学校入选“中国特色高水平高职学校和专业建设计划”高水平专业群建设单位。

2021年3月18日，江苏省教育厅发布公示，按照教育部关于独立学院转设的有关要求，现将南通大学杏林学院与江苏工程职业技术学院合并转设为省属公办本科学校。

2021年6月8日凌晨，南通大学通过官网发出公告：根据江苏省教育厅权威发布，江苏省暂停独立学院与高职院校合并转设工作。经学校研究决定，终止南通大学杏林学院与高职院校的合并转设工作，不再转设为职教本科。