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截至2025年2月，图书馆纸质图书187·84万册，电子图书141·69万种。截至2023年12月，学校图书馆建筑面积为3·1万平方米，阅览座位4300席；馆藏图书325·6万册，其中纸质图书185·54万册，电子图书140万册；有纸质期刊54716册，电子期刊121·33万册，电子学位论文1043·4万册，音视频21·1万小时；拥有webofscience、sciencedirect（sd爱思唯尔）、ebsco、国道数据库、中国知网数据库、万方数据知识服务平台等中外文数据库26个。

学术刊物

《吉林农业大学学报》

《吉林农业大学学报》是吉林农业大学主办的综合性农业科学类学术期刊，国内外公开发行。以学术论文、研究简报、综合评述等形式集中报道作物栽培、遗传育种、植物保护、生物工程、生物技术、资源与环境科学、农业化学、农业应用物理、果树、蔬菜、园林、药用植物、中药学、野生植物资源、经济动植物、畜牧兽医、淡水渔业、中兽医、食品科学、农牧业经济与管理、农业工程、信息技术等学科及相关领域的基础研究、应用研究和重大开发研究所取得的最新成果。

《吉林农业大学学报》连续多年先后被《中国科技论文统计源》、《中国科学引文数据库》、《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中文核心期刊要目总览》《中国科技术期刊文摘（csta）数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、英国《国际农业与生物科学研究中心（cabi）文摘》、美国《农业文献题录》（b of a）、美国《国际药学文摘》（ipa）、英国《动物学记录》（zr）、俄罗斯《文摘杂志》（aj）、《中国农业文摘》、《中国生物学文摘》、《中国药学文摘》、《中国林业文摘》、《食品文摘》、《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、“万方数据库（chinainfo）—数字化期刊群”、《中国农业科技文献数据库（casdd）光盘》等20多种国内外著名检索刊物及文献数据库摘引和全文收录。

《吉林农业大学学报》1999年获全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊一等奖，1999-2005年连续4次获吉林省自然科学十佳期刊称号，2004年 获北方八省、市、区第一届北方优秀期刊称号，2004年获教育部全国高校优秀科技期刊一等奖，2007年被吉林省人民政府授予吉林省新闻出版奖――期刊精品奖， 2008年获教育部中国高校优秀科技期刊奖，2009年被评为首届吉林名刊，2009年《吉林农业大学学报》荣获全国高校科技期刊优秀编辑质量奖，2010年获全国高校精品科技期刊奖。

《菌物研究》

《菌物研究》系中国菌物学会和吉林农业大学主办、国内外公开发行的综合性学术性期刊，以登载有关菌物学（主要包括菌物生物学、菌物分类、菌物生态、菌物资源、菌物遗传与育种、菌物药化与药理、菌物栽培与加工、菌物药与功能食品开发等理论和应用方面）的综述、原创论文、研究报告、研究简报等为主。

《菌物研究》被美国《化学文摘》（ca）、美国《生物学文摘》（ba）、《国际农业与生物科学中心数据库文摘》、中国学术期刊综合评价数据库收录，是维普全文收录期刊、中国知网全文收录期刊、万方数据全文收录期刊。

《菌物研究》2009年获全国高校科技期刊优秀编辑质量奖，2010年荣获“中国高校特色科技期刊”奖，2011年被评为中国高校科技期刊优秀网站，2013年编辑部被中国高校科技期刊研究会评为首届“中国高校农业期刊先进集体”，2014年获中国高校农业期刊“编辑创新奖”。

《经济动物学报》

《经济动物学报》原名《毛皮动物饲养》，1979年创刊，1997年更名为《经济动物学报》，是国家科委批准创办，由吉林省教育厅主管，吉林农业大学主办的学术性期刊，主要报道毛皮动物、药用动物、野生动物和具有特殊经济价值动物的生理解剖、遗传育种，生理生化、良种繁育、饲养管理，疾病防治、饲料与营养、产品与副产品加工利用等方面的研究论文、研究简报、文献综述等。

《经济动物学报》为美国《化学文摘》（ca）收录期刊、国际农业与生物科学中心数据库（cab abstracts）源刊、联合国粮农组织国际农业科学和技术信息系统（agris）源刊、《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库源刊、中国科技期刊数据库源刊、中国核心期刊（遴选）数据库源刊、万方数据——数字化期刊群全文上网期刊、中国学术期刊综合评价数据库（cajced）统计源期刊、cnki中国期刊全文数据库全文收录期刊、《中国畜牧兽医文摘》源刊、《中国科技资料目录——中草药》源刊、《中国学术期刊文摘（英文版）》（csae）收录期刊；《中国学术期刊评价研究报告——rccse》核心期刊。与中国内地多个出版单位、中国以外的日本岩手大学、九州大学和美国的华盛顿国会图书馆等十几家进行期刊交换，为中国内地部分图书馆提供藏书。

《经济动物学报》2004年获第四届全国优秀农业期刊学术类三等奖，2004年获第四届全国畜牧兽医优秀期刊二等奖，2006年获第五届全国畜牧兽医优秀期刊一等奖，2008年获第六届全国畜牧兽医优秀期刊一等奖，2009年获中国高校科技期刊优秀编辑质量奖。