早期历程

吉林农业大学前身是中共中央东北局于1948年在黑龙江省创建的农业干部学校。

1949年，嫩江省农业干部学校并入。

1950年，变更为黑龙江农业专科学校。

1956年，经国务院批准，黑龙江农业专科学校更名为北安农学院，开始四年制本科教育。

1956年4月，长春农学院筹备处组建。7月，国务院、中央军委决定将中国人民解放军兽医大学全体职工集体转业到地方，改名为长春畜牧兽医大学，设有畜牧、兽医和军事兽医三个系。

1957年8月，中央农垦部将长春畜牧兽医大学迁移交给吉林省领导。在此期间，黑龙江省和吉林省，也在酝酿将北安农学院调整给吉林省。基于这种情况，吉林省人民委员会决定长春农学院筹备处暂时不招生，并向中央报告，请求将北安农学院拨给吉林省与长春畜牧兽医大学合并，成立长春农学院。10月28日，高教部和农业部联合报请国务院批准将北安农学院调整给吉林省，与长春畜牧兽医大学合校，成立吉林农学院，并争取于1958年暑期进行迁校。11月12日，国务院、中央高教部、农业部先后批复：“北安农学院与长春畜牧兽医大学合并，成立吉林省农学院。”

1958年4月，北安农学院、长春畜牧兽医大学、长春农学院筹备处等合并成立长春农学院，周恩来总理亲笔题写了“长春农学院”校名。

更名农大

1959年6月，吉林省人民委员会按照中共中央和国务院下达的《关于整顿1958年新建的全日制和半日制高等学校的通知》精神，长春农学院正式更名为吉林农业大学，长春农业机械化专科学校改为农机系。

1960年3月，经省政府批准又将农机系从农大分离出去，交由省农业机械局主管，改为长春农业机械学院。

1961年3月，省委省政府决定将长春农业机械化学院再度并入吉林农业大学，改为吉林农业大学农业机械化学院。

1961年4月，省委决定将吉林特产学院并入吉林农业大学，改为吉林农业大学特产学院。

1962年，吉林省农业学校特产系并入吉林农业大学特产学院。8月，吉林农业大学特产学院改为特产系。

复校以后

1978年3月，吉林省革命委员会决定恢复吉林农业大学，白城农学院、通化农学院、哲里木盟农学院等3校的原吉林农业大学部分合并组建（复校）吉林农业大学。6月，学校开始全面回迁到吉林农业大学校址——吉林省长春市。

吉林农业大学学位与研究生教育起步于1953年，文革期间中断，1978年恢复招收研究生，1981年成为全国首批具有学士、硕士学位授予权的高校，1993年成为吉林省属院校中最早获得博士学位授权的高校。

2001年，在教育部本科教学工作评估中获得“优秀”。

2006年，入选国家大学生文化素质教育基地。

2007年，在教育部本科教学工作评估中再次获得“优秀”。

2008年，学校代表吉林省人民政府承担中国援建“赞比亚农业技术示范中心”项目正式启动。

2010年，吉林农业大学在赞比亚成立中国援助赞比亚农业技术示范中心。

2011年，成为吉林省人民政府与农业部合作共建大学。

2012年，成功申报中西部高校基础能力建设工程项目；被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。

2013年，入选国家级大学生创新创业训练计划项目。

2014年，入选教育部、农业部、国家林业局第一批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目。

2016年，入选首批50所"全国创新创业典型经验高校"名单。

2017年，被教育部认定为全国首批深化创新创业教育改革示范高校；成为首批承建农业部中非农业科研机构“10+10”合作项目中方单位；入选“高等学校学科创新引智计划”（即“111计划”）

2017年，吉林农业大学与国家级贫困县——陕西省商洛市柞水县建立校地合作关系。

2018年6月，吉林农业大学成为“一带一路 南南合作农业教育科技创新联盟”理事成员单位。

2019年2月，被教育部认定为首批高等学校科技成果转化和技术转移基地。

2020年3月，入选吉林省特色高水平应用研究型大学a类建设项目。

2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。

2023年3月30日，由吉林农业大学联合发起组建的吉林省乡村振兴高校联盟成立。

2024年4月27日，吉林农业大学菌物学院成立。

2025年4月30日，白山市与吉林农业大学对接洽谈会暨校地合作签约仪式在长春举行。