内设机构

· 办公室

· 人事科

· 规划与信息科

· 财务科

· 政策研究与体制改革科（市深化医药卫生体制改革领导小组办公室）

· 宣传科

· 卫生应急办公室

· 疾病预防控制科

· 医政医管科

· 基层卫生科（新型农村牧区合作医疗管理办公室）

· 妇幼保健服务科

· 法制与综合监督科（食品安全风险监测评估办）

· 考核评价科

· 药物政策与基本药物制度科

· 计划生育基层指导科

计划生育家庭发展科

· 流动人口计划生育服务管理科

· 科技教育科 2017-01-25

下属单位

· 鄂尔多斯市中心血站

· 鄂尔多斯市爱卫办

· 鄂尔多斯市卫生监督所

· 鄂尔多斯市疾病预防控制中心

· 鄂尔多斯市120医疗救援指挥中心

· 鄂尔多斯市人口和计划生育药具管理中心

· 鄂尔多斯市妇幼保健院

· 鄂尔多斯市中心医院

· 鄂尔多斯市中医医院

· 鄂尔多斯市蒙医医院

· 鄂尔多斯市第二人民医院

· 鄂尔多斯市第三人民医院

· 鄂尔多斯市第四人民医院（鄂尔多斯市精神卫生中心）