根据上述职责，市食品药品监督管理局设7个内设机构：

（一）办公室

组织协调机关及直属单位的党务、政务工作，负责机关文电、会议、机要、档案、保密、信访、综治、基本建设、安全、后勤保障、提案办理、综合统计；负责机关和直属单位人事、工资、财务、资产管理、工青妇等工作；负责执业药师注册等工作；负责机关会议决定事项及领导交办事宜的督办落实和结果反馈；负责干部岗位培训和考核工作；负责机关政治业务学习和精神文明建设；承办领导交办的其他工作。

（二）法规监督科

负责行政执法监督；负责行政处罚案件的审理和统计；组织食品、药品监督法律、法规的宣传和教育；承担政务公开、行政复议、听证、行政诉讼和国家赔偿等相关工作。负责药品、医疗器械、医疗机构制剂使用环节监管，组织查处违法行为；负责药品、医疗器械使用环节突发事件应急处置工作。

（三）食品监管科

负责实施餐饮服务环节食品行政许可管理制度；承担餐饮服务环节食品安全监督工作；监督实施餐饮服务环节食品安全管理规范，承担餐饮服务环节食品安全状况调查和监测工作；负责餐饮服务环节食品安全突发事件的应急处置工作。

（四）保健食品化妆品监管科

承担保健食品和化妆品监督管理工作；监督实施保健食品、化妆品卫生标准和技术规范；负责保健食品、化妆品突发事件的应急处置工作；承担保健食品、化妆品广告监测；承办有关许可事项。

（五）医疗器械监管科

负责医疗器械生产、经营单位的行政许可和日常监督管理；监督实施医疗器械法规、法定标准和生产质量管理规范；组织实施医疗器械质量监督抽验；负责医疗器械不良反应事件监测；组织查处医疗器械生产经营违法行为；负责医疗器械生产经营环节突发事件应急处置。

（六）药品安全监管科

负责药品、中药饮片、药品包装材料、医用氧气生产企业和医疗机构制剂室的日常监管；负责药品不良反应监测和药物滥用监测工作；监督实施药品、中药材生产质量管理规范；依法监管放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品等；组织查处药品生产企业违法行为；办理药品注册相关工作；负责药品生产环节突发事件应急处置工作。

（七）药品市场监督科

负责药品流通环节和医疗器械兼营企业监督管理工作；负责实施药品经营许可管理制度；监督实施药品经营质量管理规范；组织实施药品抽验工作；监督实施流通领域药品的召回；负责药品、医疗器械广告的监测；负责辖区中药材种植质量监管；负责药品、医疗器械流通环节突发事件应急处置工作；组织实施流通环节药品分类管理；负责药品市场监管信息统计等工作。