办公室

负责协调局机关的政务工作；负责文秘、会务、信息、信访、直线电话、统计、卫生、计划生育、机要、保密、档案、安全保卫和机关后勤行政管理；组织起草重要综合性材料和制定机关内部规章制度；负责局机关固定资产管理及计算机网络的安全运行管理工作；负责区党代表、人大代表、政协委员议提案的办理工作；负责组织交通运输工作目标责任制考核和部门工作责任制考核；负责管理局机关和下属企事业单位的机构编制、人事、劳动工资工作，按权限管理下属企事业单位领导班子和中层干部；负责指导全区交通运输精神文明建设、队伍建设、岗位培训、专业技术人员管理的相关工作；指导下属企事业单位的党群工作；做好系统相关社团管理工作；负责局机关退休人员的管理服务工作，指导下属企事业单位离退休人员管理服务工作；指导交通运输行业人才预测、引进、交流、智力开发、职业技术教育和成人教育。

运输管理科

负责编制全区水陆运输发展规划；协调全区运输生产， 指导督促交通水陆运输行业职能部门履行职责；负责道路运输、水路运输、城市客（渡）运的行业管理，维护运输行业公平竞争秩序；指导文明车、船、场站建设；组织编排和调整全区公交线路的布局；指导协调交通物流等相关服务业工作；负责协调重点物资、紧急物资、抢险救灾物资运输和春运、军运工作；指导交通运输行业的安全生产管理，组织交通安全大检查，依法组织或参与重特大交通事故的查处；指导公路、水路运输行业体制改革、科技创新和节能减排等工作。

建设管理科

组织编制、实施全区交通建设规划和计划的编制工作，组织协调公路、水路、陆岛交通码头工程项目建设；负责限下项目初步设计审查、报批和限上项目的审查、报批；参与或组织公路、水路工程项目交工、竣工验收；会同有关部门管理交通工程施工企业及其人员的资质，维护交通基础设施建设市场秩序；指导交通基础设施建设项目的质量技术监督、监理和造价定额工作；督促检查公路养护计划的执行情况，督促检查公路、水运项目质量安全监督工作执行情况；检查、督促、指导工程技术档案的归档工作。

行政审批科

承担法律法规赋予区交通运输部门行政许可事项的审核、审批职责。

法制科

组织拟订交通运输相关政策，起草有关交通运输行政管理的规范性文件；负责交通运输系统的执法监督和行政复议、应诉工作；负责治理公路、水路“三乱”工作；负责全区交通运输行政执法证的审核、监督和管理工作；组织拟订交通运输行业科技技改计划；负责交通运输技改项目的审查、监督工作；管理交通运输科技项目、科技成果的推广应用和交通运输科技情报工作。

财务审计科

指导交通建设融资平台的建设；组织编制交通运输年度部门预算；负责全区列入省、市交通建设计划项目的资金财务管理和区本级交通基础设施建设项目的资金筹措调度及财务管理；负责交通经费的申报，并对其使用情况进行监督；协助有关部门组织对下属企事业单位的相关财务检查，指导并监督交通运输专项资金和下属企事业单位经费的使用；指导全区交通运输行业的财务与审计工作。

交通战备办公室

区交通战备办公室为区国防动员委员会的办事机构。其主要职责是：负责制订全区交通战备建设规划和战时交通运输保障计划；指导编制重点线路、目标的战时保障方案；指导督促交通战备专业队伍建设，开展专业训练和战备演练；配合部队做好军事行动和其他紧急任务中的交通运输保障工作。

渡口安全管理办公室

区渡口管理办公室为区政府的常设机构。其主要职责是：协调、督促渡口所在地办事处（镇）、渡口经营者做好渡口安全工作，落实各项规章制度和安全措施；配合港航监督和船检部门，做好渡工、渡船的考核、培训、发证和年检年审工作，配合物价部门做好渡运票价的调整和审批；制订辖区内渡口建设规划，负责增设、变更和撤销渡口、渡船的审核等。

椒江区道路运输管理局

贯彻执行各级政府和部门有关公路运输、公路稽征的方针、政策、法令；负责公路运输、搬运装卸、汽车维修等行业的管理；负责征收公路养路费、车辆购置附加费、公路建设基金、运输管理费和有关部门委托的代征税金和代收规费等；稽查车辆在公路运输中的违法违纪事件等。从而做到全面的指导、统筹、协调、服务、监督，促进公路运输事业的迅速发展。

椒江区公路管理局

认真执行交通部颁发的有关公路养护方针、政策；认真执行各项工程养护计划，切实做好公路养护管理工作；积极做好路产、路政、路权等工作。

椒江区港航管理处

贯彻执行国家有关水上运输的方针、政策、法令、指示及规章制度。加强水上客货运输的安全管理、发布航运通知、组织航检、航查、维护水上运输秩序。做好辖区营运航道、港埠的管理、养护、建设、航标设置、清除航道里障阻物。管理船舶登记、丈量、检查与签证，审批专、副业、厂矿企事业的运输船、自备船，办理转报船舶过户和报废。做好驾驶船员的考核发证，培训工作做好规费的征收。