1950年8月1日，中国人民解放军二野卫生部直属一分院（西南军区卫生部第一总医院第一分院）128名干部战士就地转业，建立川南医院，直属于川南行署区卫生厅领导。

1951年3月8日，川南医院附设护士学校正式开学。

1952年8月，四川合省，撤销四个行署，医院更名为四川省川南人民医院，同泸州医士校联合办公。

1952年9月，原川南行署卫生厅门诊部和妇婴医院并入川南人民医院。

1953年6月，医院迁入忠山新址，原妇婴医院作为川南人民医院门诊部。

1954年5月29日，泸州市人民医院（即仁济医院，原泸州福音医院）合并入川南人民医院。

1956年5月，川南人民医院更名为泸州专区人民医院，受泸州专署领导。

1958年4月，泸州市公费医疗门诊部并入。

1960年2月，泸州专区撤销，医院划归学校领导，实行院校合一，医院划归泸州医学专科学校，改名为泸州医学专科学校附属医院。

1978年1月，泸州医学专科学校升格为泸州医学院，医院相应更名为泸州医学院附属医院。

1986年7月，中医科大部分医护人员调出，组成泸州医学院附属中医院。

2002年12月，口腔内科、口腔矫形科、口腔颌面外科人员调出，组建成泸州医学院附属口腔医院。临床医学系更名为临床医学院，医院的全称为“泸州医学院临床医学院-附属医院”。

2015年12月，学校更名为西南医科大学，医院更名为“西南医科大学临床医学院-附属医院”。

2021年1月19日，自贡市人民政府与西南医科大学签约共建西南医科大学附属自贡医院，并在自贡市精神卫生中心揭牌成立。

2024年6月6日，西南医科大学附属医院核医学中心、核医疗中心揭牌。

2025年2月，西南医科大学附属医院与北京大学肿瘤医院签署肿瘤科研创新协作备忘录。4月20日，西南医科大学附属医院肿瘤中心建设项目首块基础筏板完成浇筑。