随着股份制的不断成熟及江门市区的不断扩大，公司于1999年7月16日改制为国有控股有限公司，隶属广东省江门市汽运集团有限公司，行业管理归口江门市交通局，公司地址：江门市江海区金星路167号．

经营范围：城市公共交通客运、汽车驾驶员培训、销售汽车零配件、公共汽车车身广告、汽车小修及维护、对外包车业务、城市咪表停车业务．

公司拥有241辆大、中巴士，经营“42条主要营运线路、3条潮连专线、3条棠下专线、3条小巴专线和1条礼乐专线，营运线路总长530公里，2005年客运量预计达到7000万人次，现已基本形成由中心城区向周边乡镇辐射的公共交通网络．汽车修理厂拥有提升机、自动检测线及各种汽车修理用具一批，完全具备汽车小修及维护、汽车底盘、引擎的大中修及车厢的翻新能力，具备对汽车技术的改造能力。公司有十一大站场：麻园站、凤凰山站、江北站、白沙站、北街站、礼乐站、公汽中心站、外海站、潮连站、紫茶小学站、义乌小商品城站、江门汽车总站站、城轨江门东站站．

2010年4月27日， 江门市属公汽重组大会顺利完成，原江门公汽公司和新诚公交汽车分公司整合组成“江门市公共汽车有限公司”，标志着江门市内两家公交运营企业从此正式合并为一。

从原新诚公交公司注入线路到江门市公共汽车有限公司运营，重组后的江门公汽公司员工将达到1100多人，拥有公交车410多辆，公交线路67条，总里程达到850多公里。车站共有麻园站、凤凰山站、江北站、白沙站、北街站、礼乐站、公汽中心站、外海站、潮连站、紫茶小学站、义乌小商品城站、江门汽车总站站、城轨江门东站站和江门站(珠西枢纽)站

2013年1月1日，江门市人民政府委托江门市公共汽车有限公司管理路边停车工作。江门公汽在市区主干道设置的城市道路停车泊位收费，利用收费能够有效减小车主无偿长期霸占公共资源，而使更多有需要的车主享受此公共资源。

2014年1月，广东省江门市汽运集团有限公司对荷塘车站公交经营权进行了收购，荷塘车站原先经营的107线、116线等2条线路经营权划入江门市公共汽车有限公司。

2017年1月，新会公共汽车分公司归入江门公汽管理。

2023年5月，江门公汽实现了江门公交（常规公交、定制公交、园区出行通、共享校车）的全场景数币支付，实现了公交数字人民币支付模式全覆盖。