学校溯源

佳木斯医学院

1947年7月20日，合江军区卫生学校成立。1949年1月，合江军区卫生学校并入东北军区卫生学校，其中一部南迁至重庆即现在的中国人民解放军陆军军医大学（第三军医大学）；另一部继续留在佳木斯，于1949年2月成立合江省立卫生干部学校。1949年5月，合江省立卫生干部学校更名为松江省卫生学校。1951年7月，松江省卫生学校改为松江省医士学校。1954年10月，更名为黑龙江省佳木斯医士学校。1957年1月，更名为黑龙江省佳木斯卫生学校。1958年夏，黑龙江省佳木斯卫生学校扩建为佳木斯医学院。

学校在动荡中办学，曾一度停止招生。随着学校恢复高考招生，1977年第一批本科生413名入学。1980年学校开始招收培养硕士学位研究生，1986年获硕士学位授予权。

佳木斯师范专科学校

佳木斯师范专科学校的前身是成立于1949年的佳木斯师范学校。1958年，学校曾改建为佳木斯师范专科学校，但在1966年又改回位佳木斯师范学校。根据教育事业发展的需要，1976年，学校开始举办专科班。1978年12月，经国务院批准再次改建为佳木斯师范专科学校。

佳木斯工学院

佳木斯工学院成立于1958年。1959年，更名佳木斯农业机械制造学校。1976年7月15日，更名为佳木斯农业机械学院，正式步入省属普通高等学校行列。1977年，学院开始通过高考招收本科生，设铸造等4个专业，学制4年，1978年设铸造、焊接、热处理等7个专业，招生规模有所扩大，1979年4月25日，经黑龙江省编制委员会批准成立机械二系等17个内设机构。1983年6月8日，更名为佳木斯工学院。

原佳木斯大学

合并重组

1995年6月27日，经原国家教委批准，由佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校和原佳木斯大学四所学校合并组成佳木斯大学。1996年11月21日，佳木斯大学正式挂牌启动。2000年5月，佳木斯市粮食职工中等专业学校并入；2002年9月，富锦师范学校并入；2003年4月，黑龙江省理工学校并入。

2006年，学校建筑系扩建为建筑工程学院，下设土木工程和建筑学两个本科专业。2013年5月，佳木斯大学入选第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。2015年7月，学校在整合社会科学部和思想品德教研部基础上成立了马克思主义学院。2019年4月，学校根据国家和省政府医教协同工作要求成立了医学部，赋予其实质性的管理职能，对基础医学院和三个附属医院进行协调、指导、管理和监督。2023年11月11日，佳木斯大学和其他几所院校联合发起成立龙江研究生招生基地联盟。

2025年7月13日，佳木斯大学交叉学科研究院揭牌仪式在崇实楼二楼全景式智慧实践教学空间举行。