根据上述职责，市交通运输局设4个内设机构：

（一）办公室（纪检监察室与其合署）

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传、政务督查、议案（提案）办理、机关财务和资产管理等工作；起草重要报告和综合性文件；负责财政性拨付资金的使用和监督管理；监督管理交通运输行业国有资产和国有资本；负责全市交通运输行政执法、执法监督、行政诉讼、行政复议及交通法制宣传教育工作；负责科技管理、节能减排、信息化建设与管理和社会治安综合治理工作；负责局系统党风廉政建设、纪检监察及工青妇工作；负责交通运输行业行政执法监察和行风建设工作；

（二）公路管理科

负责编制全市公路发展规划、中长期计划和年度计划，并组织实施；负责重点公路交通基础设施项目的前期工作、立项审查；负责公路基础设施建设项目工程定额、工程造价、工程招投标、竣工验收工作的行业管理；负责公路工程施工的安全管理；组织对公路水毁、地震等自然灾害阻断交通运输的紧急抢修；指导乡村等级公路规划建设并提供技术服务；负责公路建设、公路养护的统计工作；负责全市乡村公路规划、建设、管理、养护的备案工作。

（三）路政管理科

负责国家、省、市有关公路路政管理法律、法规宣传贯彻执行；负责交通建设资金的筹融资工作；管理和保护公路路产、维护路权；依法查处违反公路法律、法规，破坏公路、损坏公路设施行为；维护公路建设施工秩序，审查办理穿跨公路建筑设施事宜；依法控制公路两侧建筑红线，取缔违章建筑设施；负责超过公路、公路桥梁限载、限高、限宽标准和超过载重质量的运输车辆的监督检查；审批铁轮车、履带车等上路行驶有关事项；负责路政管理的统计工作。

（四）运输管理科（挂交通战备办公室牌子）

协调全市综合运输体系建设，拟订全市道路运输市场发展规划，起草道路运输市场管理制度、办法和规范性文件并组织实施；负责全市道路、水路交通运输市场监督管理；指导全市城市及农村客货运输管理工作；会同有关部门制定运输价格；组织重点物资运输和救灾、节日运输等紧急客货运输；指导全市交通运输行业体制改革、城市公共交通和出租汽车行业管理；引导交通运输行业优化运力结构；负责全市交通运输行业安全生产的监督检查；负责交通运输行业事故的调查处理和结案工作；负责贯彻落实中央、省、市有关交通战备工作的方针、政策、规章、制度；制定完善战时应急交通保障预案；督促并协助有关部门编制和修改交通重点目标保障方案；参加有关交通工程设施的勘测、设计、鉴(审)定和竣工验收；负责全市交通运输行业国防交通保障和民用运力动员；指导、检查、监督全市铁路、交通、邮政、电信等部门的国防交通工作，协调处理有关问题。