呼伦贝尔市司法局内设9个科室。

(一)办公室

研究制定全市司法行政工作的年度计划和发展规划；协助局领导处理机关日常工作；协调机关政务工作；负责制定机关工作制度，并监督实施；承办局机关会议组织、文件起草和机关文秘、督查、档案、机要、翻译、接待、信息、信访、统计、保密、保卫等工作；负责机关后勤服务和离退休人员服务工作。

(二)政治部(警务办公室)

指导全市司法行政系统的队伍建设、思想政治工作；按权限管理局机关及所属单位干部，负责局机关及所属系统人事、劳资、机构编制等工作；负责警务管理和评授警衔审核呈报工作；按规定协助管理旗市区司法局领导干部；制定全市司法行政队伍培训规划并监督实施；指导全市司法行政系统精神文明建设工作；负责司法行政系统表彰奖励工作。

(三)计财装备科(审计科)

编制局机关经费预算、决算、专项经费、基建投资和全市装备计划；管理监督局机关和局属单位的预算内、预算外经费，管理局机关和所属单位国有资产；掌握劳教所的财政拨款、投资保障情况；统一管理全市司法行政系统的枪支、弹药、警械器具、警用车辆等物资装备，管理全市司法行政工劳教系统人民警察、律师、公证、司法助理员备装，负责局属单位的审计监督工作。

(四)劳动教养管理科

管理指导海拉尔劳教所业务工作；监督检查国家劳动教养法律、法规和方针政策的执行情况；负责劳教人员提前解教、延长或减少劳教期3个月以上，所外就医、所外执行的审核呈报；规划劳动教养场所的布局；指导劳教生产、基建工作；

(五)律师工作指导科

制定全市律师工作发展规划并指导实施；负责律师事务所的设立、变更和注销审核呈报工作；负责律师事务所年检、律师注册的呈报工作；指导监督政府、企事业单位的法律顾问工作和社会法律服务机构工作；组织全市律师培训工作；指导市律师协会工作；

审批社会团体和法律院校设立法律援助服务组织。组织、指导、协调市直法律援助，工作；指导；监督旗市区法律援助工作。

(六)公证工作指导科

制定全市公证工作发展规划并组织实施；负责全市公证机构的设立、撤销和办理涉外、涉台业务的公证机构的审核呈报工作；负责全市公证处的年检、公证员注册、公证员资格撤销的呈报工作；组织全市公证员的培训；指导全市公证机构设置、监督公证业务活动；指导市公证协会工作；协助法律援助科指导组织公证机构的法律援助，工作。

(七)基层工作指导科

指导全市基层司法行政工作，监督士检查基层司法行政工作法律、法规方针政策的执行情况；制定基层司法行政工作发展规划；指导基层司法所、法律服务所、人民调解工作及组织建设；审批旗市基层法．律服务所的设立、变更、撤销；负责全市基层法律服务所年检和法律服务工作者年度注册、审查呈报工作；指导民间纠纷排查治理、刑释解教人员安置帮教和“148”法律服务专线电话的管理工作；组织全市基层法律服务工作者执业资格考试；负责资格审核、授予、撤销的呈报工作；协助法律援助科指导基层法律援助工作；指导市人民调解员协会和基层法律服务工作者协会工作。

(八)法制宣传科

拟定全市普及法律知识规划及依法治理规划和年度计划并组织实施；指导全市日常性的法制宣传和新颁布的法律、法规以及专项法制宣传工作；指导全市各级领导干部、公务员学法用法、依法行政工作的法律培训与学法考试；指导检查全市普法、依法治理工作。

(九)法规教育科

对司法行政工作及其有关法律、法规、政策执行情况进行调查研究，承办局机关’规范性文件的审核工作；指导全市司法行政机关的法制建设、行政复议和应诉工作；承办局机关的行政复议和应诉工作；组织指导全市司法行政系统的执法监督检查工作；指导成人，法学教育和函授辅导站工作；负责司法鉴定机构设立、变更、登记、注销的审核报批工作；组织国家司法考试呼伦贝尔市考区工作；负责司法考试应试人员的资格审查；负责全市已取得《法律执业资格证书》人员的年度备案和变更备案登记工作。

(十)法律援助科

负责管理、指导、协调、监督并组织实施全市的法律援助工作，统一受理人民法院指定辩护的刑事法律援助的案件，受理、审批法律援助申请，指派法律援助人员实施法律援助。

纪检组、监察室。负责市司法局及市司法系统纪律检查和行政监察工作

机关党委。负责局机关及直属单位党群工作。

监狱留守处。负责原监狱债权追收、债务清偿和生产项目的经营管理及资产管理和相关善后工作。