湖南国医专科学校时期

1933年冬，湖南中医药界名流吴汉仙、张牧庵、易南坡、刘岳仑、佘华龛等人发起创建湖南国医专科学校。

湖南省中医进修学校、中医专科学校时期

1953年11月，湖南省中医进修学校应运而生。鉴于当时的历史背景，进修班的办学任务是提高中医人员的西医素养，课程设置以西医为主。

1957年3月17日，湖南省中医药研究院的前身——湖南中医药研究所成立，与湖南省立中医院、湖南省中医进修学校“三位一体”，党政统一领导，经费独立核算，隶属湖南省卫生厅和中国科学院湖南分院双重领导，所址设在长沙市蔡锷北路营盘街，李聪甫任首任所长。

1959年，成立湖南省中医专科学校。

湖南中医学院时期

1960年，经国务院批准升格为普通本科院校湖南中医学院；11月1日，湖南中医学院成立大会暨中医专业60级新生入学典礼召开，并确定这一天为校庆日。1965年，省中医药研究所整体并入。1972年，重新恢复独立建制。

湖南中医药大学时期

2006年，经国家教育部批准正式更名为湖南中医药大学。2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。2012年进入湖南省一本招生序列。2015年，入选国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革试点高校。2018年，入选湖南省高等学校“国内一流建设高校”。

2021年7月，湖南中医药大学湘药产业发展研究院成立；9月，湖南中医药大学加入长沙市与高等院校（科研院所）创新发展联盟。2023年11月，湖南中医药大学获批新增设中药学博士后科研流动站；同年，学校高质量完成教育部本科教育教学审核评估，实现办学定位从应用型高校向学术型高校的跨越发展。

2022年4月，湖南省中医药研究院恢复独立建制。

2025年1月10日，湖南中医药大学中医药科学院正式揭牌。