1979年，湖南省医药技工学校创办。

1984年12月，学校更名为湖南省医药职工中等专业学校。

1987年5月，学校更名为湖南省医药中等专业学校。

2004年10月，学校更名为湖南省医药学校。

2011年3月，学校升格并更名为湖南食品药品职业学院。

2012年3月，学院被确定为第一届中国医药教育协会职业技术教育委员会常务理事单位。

2014年11月，学院经湖南省人力资源和社会保障厅职业技能鉴定中心批准，学院鉴定所增设了食品检验工五级、四级的鉴定资格。

2015年10月，学院心理健康教育中心建成并投入使用。

2019年11月，学院举行了建校40周年的纪念大会。

2021年，学院被评为湖南省2020年征兵工作先进单位。