2003年9月10日，合肥科技馆黄山路馆区被安徽省科学技术协会命名为“安徽省科普教育基地”。

2004年8月30日，合肥科技馆黄山路馆区被中国科学技术协会命名为“全国科普教育基地创建单位”；同年10月28日，黄山路馆区被安徽省科技厅认定为科普教育基地。

2005年2月28日，合肥科技馆黄山路馆区获得安徽省合肥市蜀山区“社会治安综合治理工作先进单位”称号。

2006年4月30日，合肥科技馆黄山路馆区被中国科学技术协会认定为“全国科普教育基地”；同年12月30日，黄山路馆区被中国共产党合肥市委员会、安徽省合肥市人民政府评为“第十届合肥市文明单位”。

2008年1月30日，合肥科技馆黄山路馆区被安徽省合肥市爱国卫生委员会授予合肥市卫生先进单位称号；同年5月，黄山路馆区被安徽省合肥市关心下一代工作委员会授予“合肥市青少年教育基地”；同年8月30日，黄山路馆区被安徽省合肥市市直机关团工委授予“五四红旗团总支”；同年12月30日，黄山路馆区获得中国科协青少年科技中心表彰的2008年度中国科协“科技馆活动进校园”项目试点工作三等奖。

2009年2月30日，合肥科技馆黄山路馆区被中国自然科学博物馆协会评为“2008年度中国自然科学博物馆协会先进集体”；同年11月30日，黄山路馆区获中国科学技术协会2009年度“科技馆活动进校园”项目优秀试点单位二等奖。

2010年5月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国共产党合肥市委员会防范和处理邪教问题领导小组颁发的“2009年度合肥市防范和处理邪教工作先进集体”称号；同年12月30日，合肥科技馆天文小组获得中国自然博物馆协会成立3周年先进集体奖。

2012年5月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国共产党合肥市委员会、安徽省合肥市人民政府颁发的 “合肥市第十二届文明单位”称号；同年12月30日，黄山路馆区获得中共合肥市委组织部、安徽省合肥市人力资源和社会保障局、安徽省合肥市科学技术协会颁发的“合肥市科协系统先进集体”称号。

2013年5月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得共青团合肥市委员会和合肥市志愿者协会颁发的“合肥市志愿服务基地”称号；同年10月30日，黄山路馆区获得安徽省博物馆学会常务理事单位；同年12月30日，黄山路馆区获得中国自然博物馆协会颁发的“2013年中国自然博物馆协会先进集体”。

2014年1月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国科学技术协会颁发的2013年度全国科普教育基地考核中的优秀单位；同年2月28日，黄山路馆区获得安徽省合肥市关心下一代工作委员会和安徽省合肥市精神文明指导委员会颁发的“先进集体”称号。

2015年12月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国科学技术协会颁发的2015年至2019年“全国科普教育基地”称号。

2016年1月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国自然博物馆协会“2015年中国自然博物馆协会先进集体”称号；同年4月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国科协“2015年度全国科普教育基地科普信息化工作优秀基地”称号；同年12月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国自然博物馆协会“2016年中国自然科学博物馆协会优秀集体”称号。

2017年1月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国科协“2015—2019年度全国科普教育基地”称号；同年2月28日，合肥科技馆黄山路馆区获得安徽省爱心助学协会“爱心会长单位”称号；同年3月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国科协“2016年度全国优秀科普教育基地”称号。

2018年1月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国共产党合肥市委员会、安徽省合肥市人民政府颁发的“第五届合肥市爱国主义教育基地”称号；同年8月30日，合肥科技馆黄山路馆区获得中国共产党安徽省委员会、安徽省人民政府颁发的 “安徽省第五届爱国主义教育示范基地”称号。

2024年12月，合肥科技馆蜀西湖馆区入选安徽省合肥市文化和旅游局公布的合肥市第三批科技旅游示范基地。