校史馆

哈尔滨医科大学共有两个校史馆，分布在校本部与大庆校区两个校区内。

哈尔滨医科大学校本部校史馆建于2010年，并于同年开馆开放。截至2024年6月，校本部校史馆的展厅使用面积为1198·48平方米，陈列展品达500余件。其中，珍贵物品有毛泽东主席签署的哈尔滨医科大学校长任命书，江泽民、李鹏、乔石等中央领导的题词，伍连德博士身前用过的注射器等。

哈尔滨医科大学大庆校区校史馆于2018年6月举办开馆仪式，建在大庆校区图书馆楼b区二层。在建设过程中，大庆校区校史馆共收到离退休老领导、老教师、老职工等人提供的实物展品近500件。开馆之际，其建筑面积为630平方米，布展内容含17000多字的图文说明、876张图表、321块展板，离退休老领导、老教师、老职工等人提供的实物展品已展出390件。

伍连德纪念馆

伍连德纪念馆位于黑龙江省哈尔滨市道外区保障街140号，隶属于哈尔滨医科大学附属第一医院，是世界上第一座纪念伍连德博士的场所，也是“二位一体”的共建、共协单位，为省、市、民盟爱国主义教育基地和中国华侨国际文化交流基地以及市民喜爱的文博展馆。截至2022年7月，伍连德纪念馆占地面积达2000平方米，建筑面积达737·37平方米。该建筑坐南朝北，楼体为暗红色，坐基为灰色，是一座具有俄罗斯风格的二层砖木结构的楼房。截至2024年1月，该纪念馆内共设有5个展厅、2个复原场景，5个展厅按照专题分为四个部分，即“出生南洋 献身医学”“扑灭鼠疫 功绩卓著”“建树颇多 遗产丰厚”和“世人景仰 伟业永存”，全馆总计展出200余幅照片，记录了伍连德博士一生献身医学的片断。

明心湖

明心湖位于哈尔滨医科大学校本部，坐落在药学院与公卫阳光大厅之间，建于2005年，为人工湖。明心湖内有湖心岛、假山流水及喷泉，湖边设有踏板、园林座椅和卫生箱等设施。其生态环境良好，放养有各色锦鲤、黄金龟等水生生物，还曾吸引了外来的3只野生鸳鸯。

人体生命科学馆

人体生命科学馆位于哈尔滨医科大学大庆校区，始建于2006年，是中国东三省最大的“人体生命科学馆”。自2018年起，人体生命科学馆展馆便已实现了展品讲解信息化，参观者通过扫描展品上的二维码即可获得线上语音讲解。截至2023年11月，其展馆占地达600余平方米，分为断层标本展区、胚胎标本展区、系统标本展区等5大展区，共展出人体切片、人体血管、人体骨骼等标本6000余件，大部分标本为哈尔滨医科大学基础医学院相关教师亲手制作。