截至2024年5月，哈尔滨医科大学共有两个办学地点，分别为校本部和大庆校区。

校本部

哈尔滨医科大学校本部位于黑龙江省哈尔滨市南岗区保健路157号，是学校的法定住所地。截至2021年6月，校本部已建有主楼、体育场、体育馆、图书馆等12栋教育功能建筑和9栋公寓楼等场所。截至2023年12月，校本部共设有本科专业20个，以医学门类为主，涵盖理学、管理学、法学和工学等学科门类。该校区教职工为17809人，全日制在校学生总数为17154人。在校学生中含本科学生8110人，硕士研究生6741人，博士研究生2117人，留学生184人。

校本部

大庆校区

哈尔滨医科大学大庆校区位于黑龙江省大庆市高新区新阳路39号，于2004年10月建成投入使用。截至2023年12月，该校区占地面积114万平方米，规划建筑面积32万平方米，建筑总面积13·31万平方米，设有基础医学院、护理学院、医学检验与技术学院、药学院等10个教学院（系、部），建有1个中心实验室，9个教学、科研实验中心，实验室总数78个。校区在校生总数为8500余人，专兼职教师共计1053人。教师队伍中含龙江学者1人，哈医大星联岗位26人，博士、硕士研究生导师54人。

大庆校区