根据上述职责，广元市农业局设11个内设机构：

（一）办公室（政策法规科、行政审批科）

组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、信息、会务、农业宣传、机要、档案、信访、安全、督查、保密等工作；承担新闻发布和政务公开工作；负责有关综合性报告、文件的起草；负责重大突发事件应急综合管理；负责对外协调和接待工作；负责局机关国有资产管理；指导农业安全生产。负责农业法制建设，组织起草农业政策规定；组织开展农业产业政策研究，提出农业产业保护和发展的政策建议；组织开展农业农村经济重大问题调研，提出深化农业农村经济体制改革的建议；承担机关规范性文件的合法性审核工作；指导农业行政执法体系建设，组织、指导农业综合执法和执法监督工作；负责组织农业法律、法规、政策的宣传、教育和咨询；承担行政应诉、行政复议、行政调解等相关工作；会同有关部门规范农产品市场运行、指导农产品市场标准化建设与管理；承办有关行政审批事项。

（二）农村合作经济管理科（广元市农民负担监督管理办公室）

承担农村土地承包及承包经营权流转管理、农民负担及村民“一事一议”筹资筹劳监督管理、农村集体资产财务管理等工作；指导农民专业合作社建设与发展、农村土地承包经营纠纷调解仲裁、农村集体经济组织建设、农村经济统计、农村集体经济组织审计等工作；组织对农村集体经济收支、农民负担等情况的监测。

（三）农产品质量安全监管科

负责农产品质量安全监督管理工作；负责组织农产品及相关农业生产资料地方标准的拟订；承担组织、指导农业检验检测体系建设和考核工作；承担依法实施符合安全标准的农产品生产基地认定、产品认证和监督管理等有关工作；负责农产品质量安全风险评估和信息发布工作；组织开展农产品质量安全检验检测工作；参与农资市场秩序的整顿和规范，组织开展农资打假工作。

（四）科技教育科（广元市绿色食品办公室）

拟订农业科技创新体系、产业技术体系、农技推广体系与农民教育培训体系建设相关工作；负责农业科研、技术引进、成果转化推广和农民教育培训工作；管理农业科技成果；组织开展农民从业技能和农村劳动力转移就业培训工作；负责无公害农产品、绿色食品、有机食品、农产品地理登记保护及其基地建设规划、评审、认证工作；负责现代农业示范园区建设规划、评审、组织实施、考核验收工作；负责农业植物新品种保护、野生植物资源保护和农业转基因生物安全管理等工作；负责农业生物物种资源的保护和管理工作；承办外来物种管理的相关工作；负责组织主要农作物品种审定、种子（蚕种）生产经营许可、种子进出口初审、农药登记、植物检疫等工作。负责农业产业化经营、产业和产品机构调整；指导农业产业重大项目的包装、储备和推介工作；负责农业经济合作与交流相关工作；指导休闲农业发展。负责检测分析农业和农村经济运行；承担农业生产资料统计有关工作；管理农业农村经济信息工作，开展农业信息服务。

（五）粮油作物科

拟订全市粮油作物发展的政策、规划、计划并组织实施；承担粮油作物重大项目论证、立项及重大技术措施的制定并组织实施；承担指导粮油作物种植结构和布局调整、耕作制度改革及标准化生产工作；组织实施粮油作物遗传资源保护工作；承担指导粮油产业基地建设工作；承办粮油作物重大病虫害防治事宜；参与种粮农民政策性补贴的组织实施，负责实施良种补贴工作；参与政策性农业保险和生物质产业发展工作；指导民族地区农业农村经济工作。

（六）经济作物科

拟订全市经济作物发展的政策、规划、计划并组织实施；负责制定经济作物生产主要技术措施并组织实施；负责经济作物规划布局、结构调整及标准化生产工作；组织实施经济作物遗传资源保护；指导经济作物产业基地建设，负责经济作物重大项目的论证、立项并组织实施；承办经济作物重大病虫害防治事宜；承担培育、保护和发展农产品品牌的有关工作。

（七）土壤肥料与资源环境科

负责组织拟订土壤肥料和农业资源环境发展规划、计划和政策；承担耕地质量保护、肥料登记监督管理工作；承担耕地质量建设、生态农业和农业资源开发利用等重大项目的论证、立项并组织实施；承担土壤肥料和农业资源环境重大技术措施的制订并组织实施；承担指导农用地、宜农滩涂、宜农湿地的保护和管理工作；承担农村能源建设管理和农业生物质可再生能源综合开发与利用；承担农业面源污染治理和农村节能减排工作。

（八）蔬菜科（广元市蔬菜办公室）

贯彻执行国家、省、市发展“菜蓝子”工程的方针政策；制定和实施本市蔬菜产业发展规划和措施；负责菜田建设补偿费的收取和管理工作；组织实施常年性蔬菜基地建设规划、评审和认证工作；负责蔬菜良种的引进、试验、示范和推广；负责地方特色蔬菜品种的选育和开发工作；负责发展蔬菜产业新技术培训、推广和指导。

（九）农机管理科

贯彻实施农机安全法律法规；指导农机安全生产，承担依法组织实施农业机械安全监理的有关工作；指导农机行政执法体系建设、道路外违章行为查处和事故调查处理工作。拟订农业机械化发展战略、中长期规划、农业机械化技术规范并监督实施；指导农机专业合作组织建设、农机化综合示范基地建设；负责机耕道路的规划、建设和技术指导；协调农机跨区作业；负责发布农机化相关信息。组织农机化重大技术攻关和关键技术装备开发；组织实施农机产品试验鉴定、质量调查，引导农机产品结构调整和农民使用新型农机产品；组织农机化新技术、新机具的引进、试验、示范和推广运用；负责农机维修行业管理。制定农村机电提灌发展规划和机电提灌建设技术标准；拟订农村机电提灌资金的需求计划和分配方案并监督实施；指导农村机电提灌项目和机电灌溉服务组织建设。

（十）财务科

组织拟订全市农业和农村经济发展战略、中长期发展规划、政策措施并组织实施；负责提出有关农业农村发展的财政、税收、信贷和保险等政策建议，指导和监督农业、农机补贴政策的实施；研究提出扶持农业农村发展的项目建议，负责审核申报项目及项目上报工作；负责项目和资金的监督管理及验收工作；负责实施国家对购置农业机械补贴的扶持政策；负责编报部门预算并组织执行；指导和监督直属单位财务、国有资产和政府采购工作；负责农业资源区划工作；参与农业综合开发项目管理的有关工作；指导国有农场改革与发展；负责指导农场国有资产管理，财务和统计工作，负责国有农场土地保护，使用管理；负责农场重大项目推荐、审核、立项并监督实施。

（十一）人事劳动科

承办局机关和直属单位的机构编制和人事管理、劳动工资等工作；指导农业职业技能开发工作，参与农村实用人才培训工程和农村劳动力转移就业培训工作；会同相关部门依法实施农业农村人才专业技术资格和从业资格管理；承办涉农国外智力引进工作；负责机关离退休人员服务管理工作，指导直属单位离退休人员管理工作；指导局属社会团体工作。

监察室。为市监察局的派出机构，牌子挂在纪检组，负责派驻部门的行政监察职责。