根据上述职责，梧州市交通运输局设7个内设机构。

（一）梧州市交通运输局办公室（党委办公室、应急管理办公室）。

负责行政公文收发处理、会议组织、机要、文书档案，综合性报告、文件起草和政务信息、保密、信访、政务公开、年鉴撰写、机关行政后勤事务等有关工作；负责上级及本局重要决策、批示的督促检查工作；负责人大代表议案和政协委员提案的办理；与人事科共同承担交通宣传和新闻发布工作。负责应急处置体系建设和应急信息统计等工作；依法协调或参与有关应急处置工作；指导公路、水运工程抢险救灾工作；指导全市交通运输行业防汛、防疫、防震、消防、反恐等工作；负责交通运输系统党组织工作。

（二）梧州市交通运输局人事科。

负责人事、劳动工资、社会保障、机构编制管理工作；负责事业单位人事制度改革和人事管理工作；干部职称改革、评聘和人才引进工作；管理权限内人事档案；负责计划生育工作；负责办理本系统人员和因公出国（境）人员的政审报批工作；负责交通运输行业职业教育和职工培训工作；按照干部管理权限，负责本机关及所属单位的干部考核、任免、奖惩、干部调配等工作；协助做好交通运输系统党组织建设工作；负责社会治安综合治理及维稳工作；负责宣传、统战、行业精神文明建设和双拥优抚工作；负责离退休人员管理工作；负责工、青、妇等群众团体工作。

（三）梧州市交通运输局法规科（行政审批办公室）。

组织起草相关的规范性文件草案；负责交通运输规范性文件合法性审查和重要决策法律咨询工作；承办相关行政复议、行政应诉等法律事务；组织开展交通运输政策研究；指导、监督公路、港口、道路运输、水路运输行业有关行政执法工作；依法负责交通运输行政执法人员交通行政执法证件和政府行政执法证件的申领工作；负责法制宣传教育工作；具体负责行政审批组织领导、协调工作。

（四）梧州市交通运输局规划建设科。

负责组织编制综合交通运输体系规划，负责相关规划及建设项目的行业审核和后评价工作，负责交通建设项目的前期工作；负责交通基础设施建设投资计划编制；负责行业利用国际金融组织贷款、外国政府贷款项目管理协调工作；负责组织实施行业节能减排工作；负责公路、水运工程建设市场监督管理工作，指导交通行业建立健全公路、水运工程建设资格准入机制及市场信用管理体系，依法审批、审查公路、水运工程建设项目设计文件、开工许可和备案；指导公路、水运建设工程招标投标活动；负责公路、水运建设工程质量监督管理工作；负责组织公路、水运工程重大技术方案审查，组织交通工程竣工验收工作；指导公路养护、绿化管理工作；协助黄金水道建设管理、协调推进等工作。

（五）梧州市交通运输局财务科。

负责部门预算的组织编报、执行和管理工作；负责本局财务管理、资金调拨、会计核算、报表编制工作；负责局内部财务、会计、专项资金、非税收入、收费管理制度拟订工作；负责交通系统行业内部财务会计的检查和指导工作；负责机关、直属单位国有资产的监督管理工作；负责收费公路的行业管理工作；负责全市交通系统有关财务会计资料汇总上报工作。

（六）梧州市交通运输局安全监督科。

根据国家安全生产、交通安全等法律、法规和国家有关政策，制定安全管理规划和制度；指导全市交通运输行业安全生产工作；负责公路、水运基础设施建设和有关交通运输行业安全生产监督管理工作；组织对交通运输系统管辖的公路、桥梁、港口、渡口、站场和重要设施进行安全指导、监督。

（七）梧州市交通运输局运输管理科。

负责全市交通运输体系建设与发展的协调工作；负责公路、港口、道路运输、水路运输和城市公共交通行业指导；负责组织领导公路、港口、道路运输、水路运输管理工作；具体负责本辖区道路危险货物运输从业人员的管理和城市公共交通管理工作；承担公路客货运输、城市公交及城市出租汽车运营的指导工作；组织协调重点物资、紧急客货道路运输工作；拟订交通运输利用外资管理办法；组织协调交通运输重大科技项目研究，以及新科技成果转化和推广应用工作；负责公路、港口、道路运输、水路运输经济运行的统计、预测和信息引导工作。