1978年，经国务院批准，甘肃中医学院成立。

1989年，甘肃中医学院在甘南州卫生学校藏医学专业基础上创办藏医系。

1990年，增列为硕士学位授权单位。

2002年，与南京中医药大学等院校联合培养博士研究生。

2008年，增列为“高等学校教师在职攻读硕士学位”培养单位。

2009年，被确定为2008～2015年博士学位授权单位立项建设单位。

2010年，获得推荐优秀本科毕业生免试攻读硕士学位资格。

2013年，增列为博士学位授予单位。

2014年，获批中医学博士后科研流动站。

2015年4月，被教育部、国家中医药管理局批准为“卓越医生（中医）教育培养计划”改革试点高校；同年5月，经教育部批准，更名为甘肃中医药大学。

2016年10月，甘肃省人民政府与国家中医药管理局共建甘肃中医药大学；同年，定西市卫生学校并入定西师范高等专科学校，定西师范高等专科学校整体并入甘肃中医药大学，成立甘肃中医药大学定西校区。

2018年3月，入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目；5月，教育部批准甘肃省中医药大学为中医学专业“5+3”一体化招生院校；同年，通过教育部本科教学工作审核评估。

2023年，获批中药学博士后科研流动站。

2025年4月，甘肃省中医药管理局正式批复，同意依托甘肃中医药大学成立甘肃省中医药循证医学中心。