根据1986年国家卫生部部长在视察甘南州和甘肃中医学院时的批示要点，在省、州各级领导部门和甘肃中医学院的热切关怀与大力支持下，经甘肃省教育委员会批准，甘肃中医学院和甘南藏族自治州人民政府联合于1989年秋季在甘南藏族自治州卫生学校开办了藏医系，设置藏医专业三年制专科教育，面向全省藏区招生，使甘南州卫生学校成为继西藏之后甘、青、川唯一一所藏医高等医学人才的培养基地。藏医系自成立已培养254名毕业生，在校生100名。藏医系的成立极大地改变了自治州藏医药人员的学历结构和知识层次，为藏医药人员的继续教育和藏医药文化遗产的继续发掘、整理、继承和发展奠定了坚实的人力和智力基础。

随着医学教育模式的不断更新和社会对医疗卫生人员要求的日益提高，为了适应国家对医学教育层次的要求，同时，也为了谋求藏医系的继续发展，经过各方面的努力，经国家卫生部与中医药管理局评估批准，藏医系又于2001年由专科升为本科，首届招生40名，并招收大专函授教育生。使藏医教育又迈上了一个新的台阶。随着医学教育模式和体制改革的不断深化，2001年12月藏医系又升格为甘肃中医学院藏医学院，使发展的步伐又向前迈进了一步，同时，甘南藏族自治州卫生学校新一届领导班子正在摸索和探讨新的发展思路，在依托甘肃中医学院的基础上，积极创造有利条件，以便学校向更高层次更深领域发展。为甘南藏族自治州及周边藏区的医疗卫生事业的发展做出应有的贡献。