桂林市十二中学始建于1971年，为高完中学校。1981年至2000年，高中部改制成桂林市第二中等职业技术学校，2001年根据桂林市教育布局调整需要，职高部并入桂林市职业教育中心学，学校现为完全初中学校。桂林市第十二中学地处城郊结合部，生源60%以上来自进城务工人员子弟，学生学习基础较差。2006年以前，学校的中考成绩经常排在同类学校的倒数位置上，2005年学校的中考成绩更是跌到了前所未有的低谷。十二中全体领导、老师强烈意识到，要改变学校面貌，必须提高教师的素质，提高教学质量。2007年起，学校整装面貌重新出发，得到教育肯定。

为此，学校付出了艰苦的努力，终于在2009年取得了辉煌的成绩：学校中考成绩在市区直属公办学校的排名是：化学平均分第一；化学、政治优秀率第一；化学、语文及格率第一；语文平均分和物理的优秀率第二；政治、物理、数学平均分和数学的及格率第三，体育的优秀率和平均分第四；政治及格率第五；语文、数学的优秀率和体育、历史的及格率第六。示范性高中录取率23%， 普通高中录取录取率为62·3%。示范性高中和普通高中合计录取率为85·2%。总成绩七等以上占98·3%。

2025年5月8日，桂林市第十二中学学术委员会第一次全体会议召开。