广东中医药博物馆为中国首座中医药综合类国家二级博物馆，并先后获得全国科普教育基地、全国中医药文化宣传教育基地、全国中小学研学实践教育基地、广东省科普教育基地、广东省青少年科技教育基地、广东省中医药文化养生旅游示范基地、广州市科学技术普及基地、广州市爱国主义教育基地及示范点、中华文化传承基地、国家大学生文化素质教育基地分基地、广州市科普经典游推荐景点、广州滨海金游廊示范景区、广佛肇同城旅游一卡通观光站、广东省首批国民旅游休闲示范单位，2010年广州地区首届"最受市民欢迎的科普基地"、2009—2010年度"十佳广东省科普教育基地"等30余项基地称号。

2022年3月30日，被中国科学技术协会命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地。

2022年9月，被认定为“广州市第二批中小学生研学实践教育基地营地”。

2023年10月，入选为第十批广东省爱国主义教育基地。