根据上述职责，区水务局设3个内设机构。

（一）办公室（计财科）。

负责局机关党务、政务工作，检查机关制度的落实；负责机关会议的组织和决定事项的督办；组织起草全局年度工作计划、总结、制度、综合性工作报告及其它重要文件；负责文电、机要、档案、保密、接待等工作；负责机关及所属单位的机构编制、人事、培训、劳动工资、专业技术职务评聘等工作；负责党的基层组织建设和思想政治工作；负责组织实施目标责任综合考核工作；负责离退休人员的服务和后勤服务等工作。

负责编制全区水务发展战略，研究制定水务发展中长期规划和年度计划；负责全区涉水项目的计划立项及实施监督；负责全区水利工程建设的行业管理；负责全区水务行业综合统计工作；组织拟订全区水务行业技术质量标准、规程、规范并监督实施；负责水利工程建设质量监督和工程验收工作；负责全区农村饮水安全工程及城区供水工程；负责水利科学研究、技术推广及科研成果的管理工作；负责局机关、局属各单位的财务监管工作；负责局系统政府采购和国有资产的监督管理工作；负责中、省、市下达我区的水利建设项目资金稽查工作；负责全区重大水利投资项目稽查及审定评价工作。

（二）农水科。

组织拟订水资源保护和开发利用规划；负责节水型社会建设工作；拟订全区渔业发展规划并指导实施；负责水产苗种生产的审批工作；负责水产品从养殖环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理；负责职责范围内的饲料、饲料添加剂和其他水产养殖业投入品质量及使用监督管理；负责全区农田水利建设与管理工作；组织指导全区农田水利基本建设、农业节约用水、农田排水和农村水利社会化服务体系建设；组织拟订灌区规划，指导机电排灌和已成灌区管理；负责办理人大和政协议案；负责全区冬春夏灌和抗旱工作；负责全区水土保持、水土流失治理等工作。

（三）综合科。

负责全区水务系统维稳、社会治安综合治理和安全生产工作；负责城区供水、排水、中水回用的行业管理；组织编制和审核城市供水、排水、中水回用的规划、计划、调度方案并组织实施；指导城市已成供水、排水、中水回用工程的建设和管理及水利突发公共事件的应急处置工作；负责全区水源保护和管理工作，组织编制全区水源保护和建设规划，组织审核水源工程更新改造方案；负责供水、排水、污水处理、中水回用行业特许经营的具体实施工作，监督全区供水行业的服务质量；负责协调区级有关部门做好水源保护工作。

机关党的机构按照党章规定设置。