1892年10月2日，美国马加里医生创建的重庆市第一座医院重庆综合医院（chungking general hospital）落成，创办人马加里为医院取中文名“宽仁医院”，取自《尚书》 “克宽克仁，彰信兆民 ”，地址位于渝中区临江门戴家巷，是重庆第一家西医院。

1896年，医院记录了重庆市第一个产科病人。

1894年，医院自己培养的第一批医学生毕业。

1898年，宽仁医院开始实施剖宫产手术。

1902年，中国西部地区第一例母子均存活的剖宫产在这里诞生。

1902年，专为妇女儿童治病的甘薄纪念女医院建成，外称“宽仁女院”。1903年，宽仁男院落成。

1911年秋，成都爆发推翻清朝的起义，并迅速扩展到整个四川，医院除马加里医生外，所有的传教士均被命令回国，女院关闭，男院爆满，胸怀大爱的马加里独自一人坚持工作。

1916年，马加里为护国军将领刘伯承施行无麻醉眼科手术。

1920年，得到美国塞瑞叩斯大学和教会的批准，宽仁医院重新开办，取名中国塞瑞叩斯综合医院，对外仍称宽仁医院。

1924年，医院建立专门培养护理人才的“私立宽仁高级护士培训学校”。

1925年，医院率先提出中国人管理医院的想法，并聘请中国医生来院工作，同年建立起重庆市首间化验室。

1926年，医院成立医院董事会，其核心成员是美国教会的代表和中国商业巨人。

1927年，宽仁女院重新开立。

1931年，李之郁医生担任首任中国院长。

1932年，医院购置了第一台x光机，在重庆市率先开展放射检查。

1938年，宽仁男女医院正式合并，改名重庆卫理公会联合医院，对外仍称宽仁医院。同年，医院购置了第一台小车以供出诊使用。

1939年，医院奉命疏散，主体迁址歌乐山，同步开设曾家岩分院，并留下一支急救队和手术队。

1939年，国民政府主席林森为医院提写了院名。

1941年，医院迁回戴家巷原址。

1948年，医院重修门诊部，眼、耳鼻喉科合并为沙眼防治所，并成立了中心供应室、入院处、特别营养室。

1950年，医院与川东行署达成协议，改称川东协办宽仁医院，并成立了新的董事会，属川东行署卫生厅领导。

1950年12月29日，重庆市军管会正式接管，医院彻底摆脱外国教会控制。

1951年1月15日，宽仁医院由政府接管，川东医院正式成立。

1952年7月，医院被列为重点工作医院，院名改为重庆市川东第一人民医院。

1953年1月，又更名为四川省川东人民医院，直属四川省卫生厅领导。

1955年2月，医院交重庆市卫生局领导，后更名为重庆市第四人民医院。

1962年8月23日，重庆市第四人民医院划归重庆医学院领导，更名为重庆医学院第二医院，“西迁”专家相继来院工作。

1978年，建立了重庆医学院第二医学系，实行院系结合。

1985年7月1日，医院更名为重庆医科大学附属第二医院。

1994年1月19日，医院顺利通过评审，被评为首批三级甲等医院。

2003年10月，医院升格为副厅级单位。

2005年3月24日，重庆市妇科医疗质量控制中心在重医附二院正式挂牌成立。

2007年4月28日，医院成为重庆市港、澳、台涉外医院。

2018年7月2日，江南院区正式开业。

2021年12月16日，魁星楼门诊正式投入试运营。

2022年3月，医院举行建院130周年活动启动仪式，共同开启“技术创新年”、“临床研究年”、“文化建设年”系列主题活动。

2020年9月，成为重庆市医学资源样本库联盟成员。

2023年11月，重庆医科大学附属第二医院（康复医学科）参与组建重庆市沙坪坝区国际语言脑机接口联合研究院。

2024年3月，重医附二院神经医学中心、癫痫与脑功能疾病中心成立。

2024年10月22日，在重医附二院心内科学科主任殷跃辉教授及心内科主任凌智瑜教授的带领下，由凌智瑜主任、肖培林副教授、熊青松主治医师共同主刀，在手术团队、麻醉科和导管室医护人员的通力合作下，成功为2位房颤患者实施心脏脉冲消融术，成功完成了重庆市首批网篮状导管房颤脉冲消融手术。

2025年3月11日消息，重庆医科大学附属第二医院在国内首次实现复杂四条染色体交互易位完整组装。