2012年1月20日，医院成立。

2013年9月，公示为城镇职工基本医疗保险定点医疗机构。

2017年4月，安徽省新农合定点医疗机构。

2018年1月1日，中科大医院、福田眼科医院医联体正式签约揭牌。

2018年3月，阜阳市卫计委拟设置阜阳福田眼科医院（二级眼科）进行公示。

2020年5月，召开妇女联合会第一次代表大会，成立福田眼科医院妇女联合会。