截至2025年4月，福建医科大学有旗山校区、乌山校区2个校区。

旗山校区

截至2025年4月，福建医科大学旗山校区位于福建省福州市大学新区学府北路1号（350122）。截至2022年8月，下设基础医学院、医学影像学院、卫生管理学院、口腔学院、公共卫生学院、医学技术与工程学院、药学院、健康学院、护理学院等学院，还有全体的硕士生和博士生。福建医科大学旗山校区

乌山校区

截至2025年4月，福建医科大学乌山校区位于福建省福州市交通路88号（350004）。截至2022年8月，下设临床医学、口腔医学专业学位硕士，还有全体的硕士生和博士生。