医学专科学校

民国26年（1937年）6月福建省立医学专科学校创办于福建闽侯县，同年10月，福建省立医院划为该校附属医院。民国27年6月，因抗日战争迁往闽北沙县。同年8月，定名为福建省立医学院，学制6年，毕业生授医学士学位。

抗日战争胜利后，学校迁回福建闽侯县，在闽侯县省立医院和高级工业职业学校旧址（吉祥山）重建校舍，医科学习年限为6年，医学专修科为5年。当时仅有基础学科教师19人，兼职教师3人。

医学院

1949年11月，福建省人民政府接办福建省立医学院，改为福建医学院，学制5年。

1951年，除原设的医学本科专业外，增设医学专科（3年制），还附设中级卫生教育师资专修班。

到1957年，该院建立基础学科17个教研组，有基础学科教师90人，能按教学大纲开出实验课，同时有一所300张病床的附属合组医院。

1958年，该院从吉祥山迁到八一七中路西洋村新校舍，福州协和医院划为附属医院，还确定福建省立医院、福建省妇幼保健院、福州神经精神病防治院、福州结核病防治院、福州传染病院5所为教学医院，形成了一个教学、医疗、科研功能较为完整的高等医学教育体系。

1959年，为适应卫生预防工作的需要，增设卫生系，招收一届学生后，于1962年停止招生。还曾举办2年制卫生干部专修科。1962年，厦门医学院全部学生并入该院。到1965年，学校有教师282人，其中基础学科教师171人，临床学科教师111人，教师中有正副教授和正副主任医师34人、讲师和主治医师85人，在校学生1332人。

中华人民共和国成立后至1965年，共毕业学生3207人、副博士学位研究生2名。该院先后成立放射医学、经络、肿瘤、蛇伤、寄生虫病、创伤、高气压手术治疗、血液病8个研究室（组），取得一定的科研成果，其中“高压氧手术室的建造和临床应用”，开创了中国高压氧医学的临床应用和研究。

“文化大革命”中，学校被迫停办，院领导和一大批教职工被批判、斗争，下放农村，学校资产散失严重，停止招生达4年之久，两所附属医院与学校“脱钩”，分成8组，迁到闽西、闽北8个县，破坏极其严重。

1970年，福建医学院奉命与福建中医学院合并，迁到泉州华侨大学校址，华侨大学医学系并入，改为福建医科大学。1970年，开始招试点班学生（2年制）。1971年，筹建附属第一医院，秋季招收3年制医学专业学生。1972年，设医学、中医两系。1975年，在莆田、龙岩两县举办“社来社去”班，学制2年。

1977年秋，开始招收5年制本科学生。1978年6月，中共福建省委决定福建医科大学迁回福州原址；同年11月，中医系分出复办福建中医学院。

医科大学

1996年4月，经国家教委批准，更名为福建医科大学。相应的附属医院亦更名。

2003年，福建省人民政府确定为重点建设高校；同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。

2012年11月，入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。

2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划项目实施高校。5月，入选第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。

2018年3月，入选福建省一流学科建设高校。

2019年1月29日，学校附属第三医院开诊试运行。7月，入选福建省一流大学建设高校。

2020年9月20日，加入海西医学联盟。

2022年2月17日，福建医科大学与福建省肿瘤医院举行授牌仪式，福建医科大学肿瘤临床医学院成立。2月27日，福建医科大学妇儿临床医学院成立。

2022年6月，由卫生健康研究院、公共卫生学院卫生管理学系及卫生法学与卫生政策学系合并成立卫生管理学院。

2022年9月，福建医科大学牵头成立福建省高校基础医学学科联盟。

2023年1月，福建省人民政府与国家卫生健康委共同签署《福建省人民政府国家卫生健康委员会共建福建医科大学的意见》签署，福建医科大学正式迈入省部共建高校序列。

2024年5月，福建老年大学福建医科大学教学点揭牌仪式在福建医科大学乌山校区老干部活动中心举行。8月20日，福建医科大学附属三明市疾病预防控制中心揭牌成立。