学院下设机构：

食品科学系

食品工程系

营养与食品安全系

食品科学学院实验中心

福建农林大学食品科学技术研究所

福建农林大学食品工程设计研究所

福建农林大学农产品品质研究所

福建省农产品（果蔬）加工工程技术研究中心

福建省农副产品保鲜技术研发基地