截至2025年3月，福建农林大学具有金山校区、旗山校区、安溪校区和南平校区（基地）共4个校区，校园占地4900余亩。

金山校区

福建农林大学金山校区（校本部）位于福建省福州市仓山区上下店路15号。校区内设有农学院、植物保护学院、园艺学院、林学院、生命科学学院等教学机构。校区内建有创新楼、田家炳楼、诚智楼、b和d教学楼、马克思主义学院楼、菌草研究院楼等教学场所。

旗山校区

福建农林大学旗山校区位于福建省福州市闽侯县溪源宫路63号。校区占地面积832亩，规划校舍总建筑面积约36万平方米，一二期已建成并投入使用约21万平方米。设有艺术学院园林学院、材料工程学院、机电工程学院和交通与土木工程学院，以及国家菌草工程技术研究中心、国家甘蔗工程技术研究中心、种业创新研究院等科研机构，具有全日制在校生近7千人。

安溪校区

福建农林大学安溪校区位于福建省泉州市安溪县东二环路。校区设立于2023年，其设有安溪茶学院，该学院是由福建农林大学与安溪县委、县政府共同合作创办的二级学院，占地面积1200亩，建筑面积18·48万平方米。福建农林大学安溪校区

南平校区

福建农林大学南平校区位于福建省南平市延平区西芹镇兴华二路296号。校区占地面积约308亩，为原福建林学院办学地。2019年7月与科教基地管理中心合署，转型后为学校重要的实践教学基地、科研后勤保障基地、培训基地和农林通识教育基地。具有建筑面积约92000平方米，有教室、食堂、礼堂、运动场、学生宿舍、招待所等教学、办公、运动、食宿设施，可同时容纳500名师生食宿。