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截至2025年3月，福建农林大学图书馆由福州金山校区的逸夫图书馆、李常盛图书馆、旗山校区图书馆和安溪校区图书馆4个馆组成，馆舍总建筑面积为68200平方米。拥有图书馆馆藏纸质图书（含期刊装订本）355万册，电子图书（含电子期刊）343万册。

学报期刊

截至2025年5月，福建农林大学出版有福建农林大学学报（哲学社会科学版）、福建农林大学学报（自然科学版）、森林与环境学报、亚热带农业研究、生物安全学报、林业经济问题、武夷科学7种学术期刊。

《福建农林大学学报（哲学社会科学版）》是由福建农林大学主管和主办的综合性学术理论期刊，创刊于1998年。主要刊登有关农业、农村和农民问题的最新研究成果，兼顾刊载其他社会科学方面的学术论文，主要栏目有《马克思主义与当代研究》《乡村振兴研究》《经济管理研究》《公共管理研究》《旅游管理研究》《法学研究》等。该刊先后被列为《中文社会科学引文索引（cssci）》扩展版来源期刊、《中国学术期刊评价研究报告》（rccse第六版）核心学术期刊（a-）、全国高校优秀社科学报等。

《福建农林大学学报（自然科学版）》创办于1953年，双月刊，是综合性农业科技期刊，主要报道农业、林业、生物、环境及相关学科领域的最新研究成果、研究进展。栏目主要有作物科学、植物保护、园艺科学、林业科学、动物科学等。为“中国科学引文数据库”（cscd）来源期刊、中国科技核心期刊、rccse中国核心学术期刊、中国农林核心期刊（a类）等，属综合性农业科学类中文核心期刊；同时被日本科学技术振兴机构数据库（jst）以及国内的知网、万方、维普、超星、钛学术、长江文库等数据库收录。

《森林与环境学报》创刊于1960年，由福建农林大学、中国林学会主办，为双月刊。主要报道林学学科和森林与环境方面的基础研究、应用研究的最新成果，其刊发稿件的范围主要包括森林生态学、森林培育、森林经理学、森林保护学等方面的学术论文。该刊为中国科学引文数据库（cscd）来源核心期刊；北大中文核心期刊；中国科技核心期刊；rccse中国核心学术期刊等。并被《中国科学引文数据库（cscd）》《中文科技期刊数据库（全文收录）》《中国期刊全文数据库》等数据库收录。

《亚热带农业研究》是由福建农林大学主管和主办的综合性农业科技期刊，季刊。主要刊登与亚热带农业生产，特别是种植业相关的学术论文、研究简报和综述等，所设置栏目包括作物科学、林业科学、园艺科学、生物与环境、植物保护、食品与工程、农业生态与可持续发展等。2020至2023年，均被收录为“中国科技核心期刊”。

《生物安全学报（中英文）》是由中国植物保护学会与福建省昆虫学会共同主办的面向生物安全科学国际前沿的中英文学术杂志（季刊），2017年10月被收录为“中国科技核心期刊”，2019年被中国科学引文数据库（cscd）扩展库收录，2021年入编《中文核心期刊要目总览》。该刊主要刊载入侵生物学学科发展的新理论与新假设、农业转基因生物的生态与社会安全性、农用化学品对生物急性/慢性毒性累加过程与效应、高端新技术等方面论文，同时开辟学术聚焦、科技论坛、政策通讯、科技书评等栏目。

《林业经济问题》创刊于1982年，由福建农林大学、中国林业经济学会主办，刊载有关林业经济方面的原创学术作品，包括森林生态经济、森林旅游、生态旅游、森林资源人口承载力与劳动力转移等专栏。该刊被中文科技期刊数据库全文收录；被cnki中国知网中国期刊全文数据库（cjfd）收录；被万方数据——数字化期刊群全文收录。被选为中国人文社会科学引文数据库（chsscd）来源期刊、中国核心期刊（遴选）数据库来源期刊等。

《武夷科学》（wuyi science journal）创刊于1981年，系福建省科学技术厅主管，福建农林大学作物病虫生物防治研究所主办的综合性农业科学学术期刊，主要刊登自然科学领域（动植物、昆虫、土壤、地理、环境等）研究论文、综述和观点性论文。