学校前身

福建农林大学前身是创办于1936年的福建协和大学农科和成立于1940年的福建省立农学院。

私立福建协和大学农学院

私立福建协和学院于民国25年（1936年）创办农学、农业经济学两个系。1938年，学校内迁邵武县办学。1940年春，福建协和大学农学院在邵武诞生。抗日战争胜利后，1945年11月，福建协和大学迁至福建省福州市魁岐乡。1951年4月，人民政府接管私立福建协和大学与华南女子文理学院合并为福州大学，协和大学农学院更名为福州大学农学院，仍在原址办学。

福建省立农学院

合并建校

1952年6月，厦门大学农学院与福州大学农学院合并，成立福建农学院，校址设在福州魁岐。1958年，林学系分出，单独设立福建林学院。同年，又创建了漳州分院。1960年，漳州分院划归龙溪地委领导并更名为漳州农学院。1962年，该院撤销并入福建农学院。1958年，学校迁到福州市郊梅峰。1962年，开始招收研究生。

“文化大革命”中，福建农学院于1969年被撤销，干部教师下放劳动，校园被占用。

1972年，福建农学院、福建林学院合并复办，成立福建农林大学，校总部设在南平市西芹福建林学院原址，分部设在三明市和沙县两地。1975年5月，福建农学院、福建林学院重新分设办学，农学院在三明荆东、沙县洋枋、漳州林下办学；林学院在南平西芹办学。

更名发展

2000年，福建农业大学和福建林学院合并为福建农林大学，时任福建省省长习近平同志为福建农林大学授牌。

2003年，学校被确定为福建省重点建设高校。2006年4月，教育部批准学校试办金山学院。 2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。2012年，农业部、国家林业局分别与福建省人民政府共建福建农林大学。2013年10月，学校与安溪县合作在该县参洋片区创办安溪茶学院。2014年9月，入选国家首批卓越农林人才教育培养计划改革试点高校。同年，成为成为福建省重点建设的三所高水平大学之一。2015年6月，学校在福州地区大学城旗山校区一期工程竣工。

2016年7月，被教育部评为首批全国创新创业典型经验高校。11月，入选全国高校实践育人创新创业基地。同年，入选教育部和国家外国专家局联合组织的“高等学校学科创新引智计划”（简称“111计划”）。2018年3月，入选福建省“双一流”建设高校（福建省一流大学建设高校）。

2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。9月，被国家知识产权局、教育部确定为第三批国家知识产权信息服务中心。2022年9月，福建农林大学作为成员单位成立福建省高校马克思主义理论学科联盟。

2023年5月8日，福建农林大学与安溪县人民政府合作共建的福建农林大学安溪校区、安溪茶学院（数字经济学院）正式揭牌。8月29日，福建农林大学菌草与生态学院揭牌成立。12月1日，由福建农林大学等共同发起的福建省文化和旅游研究联盟成立。

2024年1月16日，福建农林大学蜂学与生物医药学院揭牌成立。3月27日，福建农林大学政和乡村振兴研究院在政和廖俊波先进事迹传习地揭牌成立。6月13日，福建农林大学大食物观研究院在金山校区举行揭牌仪式。7月8日，福建农林大学福建公益慈善研究院揭牌成立。10月20日，福建农林大学科技成果转化签约暨特色产业链成果发布会在学校常盛会议中心举行，重点推介21个特色产业链服务方案、124个优质品种、500个重点专利，切实推动科技创新和产业创新深度融合。12月28日，福建农林大学竹产业创新研究院成立揭牌暨科技合作项目签约仪式在旗山校区报告厅举行。

2025年3月28日，福建农林大学与安溪县人民政府合作共建福建农林大学光电产业学院揭牌仪式在安溪校区举行。6月6日上午，福建农林大学农林人工智能研究院揭牌仪式暨农林人工智能学术研讨会在金山校区常盛会议中心举行。

2025年6月17日，福建农林大学公益慈善学院揭牌。