办公室

负责机关政务工作；负责本系统党务工作、干部理论学习、职工思想教育和精神文明建设工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担宣传、信息、信访、建议、提案、安全保密、政务公开等工作；承担重要文稿的起草；承担重要事项的组织和督查工作；负责机关及所属单位的人事、机构编制、队伍建设工作；负责机关及所属单位的群团工作及离退休人员的管理与服务工作。

水资源管理科

承担本区水资源的统筹管理与配置、调度工作；编制水资源保护规划、年度用水计划和水量分配方案；负责实施水资源论证、取水许可、凿井许可及水源井凿井资质认可等制度；负责水功能区的划分，并监督实施；监督饮用水水源保护和水生态保护工作；组织征收水资源费；承担水文管理有关工作。

综合计划与工程建设管理科

编制本区水务中长期发展规划及年度计划，并监督实施；组织水务项目规划和前期工作，依法承担水利基建项目初步设计文件审批；参与水价管理与改革的有关工作；承担水务综合统计工作；指导本区水务综合性规划工作；承担本区水务工程的建设与管理工作；拟订水务工程建设与管理的政策、规程、规范、标准，并监督实施；承担水务建设市场的监督管理；指导区属河道和水库、水闸、堤防等水务工程设施的运行管理；依法承担水务工程建设管理方面的行政许可工作。

农田水利与水土保持科

编制本区农村水务建设、水土保持的发展规划和年度计划，并监督实施；协调农田水利基本建设工作；编制本区供水、排水、区管河道、生态清洁小流域建设规划，并监督实施；承担水土流失监测和监督执法工作；指导本区河道、水库、水闸、堤防和村镇两级供水、排水等工程设施的运行管理工作；指导农村水务社会服务体系建设。

供排水管理科

承担本区供、排水和再生水利用行业的管理；编制供、排水发展规划和年度计划，并监督实施；拟订供、排水行业的政策、规程、规范、标准，并监督实施；指导、监督供水行业的服务质量；监督管理公共供、排水单位及再生水利用设施和供水水质的安全运行；组织排水和再生水利用行业特许经营的具体实施工作；负责实施排水许可制度；组织征收污水处理费。

水政监察科

负责机关推进依法行政综合工作；承担水务发展与改革重大问题的调查研究，并提出意见建议；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、行政赔偿案件和行政诉讼应诉代理工作。