房山区水务局经历了以下几个阶段：

⑴1949年~1958年：①河北省房山县政府水利工作由县政府建设科负责，1954年5月，建设科改为水利科，正式形成水利专业管理机构。②河北省良乡县政府水利工作由县政府农业科负责，1954年4月，县政府增设水利科，负责全县水利管理工作。

⑵1958年~1960年：1958年4月，房山、良乡两县合并划归北京市管辖，更名为周口店区，区人民委员会设农林水利局，局内设水利科。

⑶1960年~1986年：1960年 2月，周口店区更名为房山县。周口店区农林水利局改为县农林水利局，局内设水利科，1973年3月成立房山县水利局。

⑷1986年~2001年：1986年11月，房山县、燕山区合并为房山区，县水利局于1987年8月改称区水利局。

⑸2002年至2004改称房山区水资源局。

⑹2004~今改为房山区水务局。