在大连医科大学创办初期，即关东医学院时期，1947年5月15日创立了《大连医学杂志》。

大连医学院独立后，1950年12月9日成立了以乔树民、吴襄、简仁南、刘孙、叶兴杰5人组成的大连医学院出版委员会，出版发行《大连医学院》院刊，刊登论文摘要、信息报道和经验总结，当时的发行仅限于校际交流。

1960年1月，《大连医学院学报》创刊。初期为不定期刊物，每年1-2期，编为1卷。形式有研究论文、综述、病例报告等。内容涉及祖国医学、中西医结合、中西医结合治疗新急腹症学、经络学、医学基础与临床研究等各个方面。发行范围主要是学院内部和与全国各医学院校之间的交流，每期印1000册。

1965年，《大连医学院学报》停刊。

学校复办后，《大连医学院学报》于1983年5月20日复刊，仍为内部发行。

1984年开始，学报每年定期出版4期，每期约10-12万字，印数1000册。

1986年，经国家教委和国家新闻出版署颁发国内统一刊号cn21-1369/r及国际标准刊号issn1000-5676，获得了国内外的发行权。进而办理了coden dyixea编号及国内发行代号jnsc-14，委托中国教育图书进出口公司代理在国内外的发行工作。

1995年，《大连医学院学报》更名为《大连医科大学学报》。

2005年，《大连医科大学学报》由季刊改为双月刊。

2012年5月，正式采用北京勤云在线采编系统，建立在线投稿、编辑、审稿等工作一体化网站。

2013年1月开始，对该刊论文进行数字对象唯一标识符（digital object unique identifier，doi）标注。

2014年11月，该刊成为原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。