（一）依法治区秘书科。

（二）政治处。

（三）办公室。

（四）法制监督科。

（五）公共法律服务管理科。

（六）普法与依法治理科。

（七）人民参与和促进法治科。

（八）社区矫正工作科。

按照有关规定设置机关党组织。

上海市崇明区司法局设18个司法所：

司法所负责指导管理基层人民调解工作和基层法律服务工作，承担社区矫正日常工作，组织开展法治宣传教育工作和基层治理工作，指导、推进司法所法治化、规范化、标准化建设等工作。

（一）上海市崇明区司法局长兴镇司法所

（二）上海市崇明区司法局横沙乡司法所

（三）上海市崇明区司法局新村乡司法所

（四）上海市崇明区司法局绿华镇司法所

（五）上海市崇明区司法局三星镇司法所

（六）上海市崇明区司法局庙镇司法所

（七）上海市崇明区司法局港西镇司法所

（八）上海市崇明区司法局城桥镇司法所

（九）上海市崇明区司法局建设镇司法所

（十）上海市崇明区司法局新河镇司法所

（十一）上海市崇明区司法局竖新镇司法所

（十二）上海市崇明区司法局堡镇司法所

（十三）上海市崇明区司法局港沿镇司法所

（十四）上海市崇明区司法局向化镇司法所

（十五）上海市崇明区司法局中兴镇司法所

（十六）上海市崇明区司法局陈家镇司法所

（十七）上海市崇明区司法局新海镇司法所

（十八）上海市崇明区司法局东平镇司法所