学校前身是创建于1950年的皖北滁州师范学校。

1950年4月，皖北行署决定筹办“皖北滁州师范学校”。9月，新创办的滁州师范学校开始招生，首次招生计划100人。开办中师班、初师班，不少学生在读期间两次参加各类招工考试、参军入伍，到1953年首届学生毕业时，剩下56人。

1951年暑期，学校迁至定远炉桥办学，开设了师资轮训班，招收了一个初师班、两个中师班。

1952年初，学校回迁到滁县园艺场处（今滁州学院北校区）办学；皖北区滁县师范学校更名为安徽省滁县师范学校。

1966—1969年停止招生。

1970年秋始，恢复招生，连续招收两届一年制师范类速成班学生。1973年开始恢复考试入学，学制两年。

1977年11月11日，滁县师范学校经安徽省革命委会批准成立“安徽师范大学滁县教学点”。依托滁州师范学校设立的安徽师范大学滁县教学点1977年开始招生，首次招收中文、数学两个本科专业学生204人，这批学生于1978年春入学。

1978年，安徽师范大学滁县教学点更名为安徽师范大学（滁州分校）。

1981年8月，经国务院批准，安徽师范大学（滁州分校）、滁县师范学校合并组建滁州师范专科学校。

2001年3月9日，滁州市人民政府召开滁州师专扩建工作协调会，5月30日，初步决定征用正大饲料厂北侧土地建设新校区。4月4日，安徽省教育厅下发关于滁州师专新校区规划的批复，原则上同意校园设计规划，要求加快新校区建设，确保实现2005年新校区在校规模达到6000人的发展目标。6月12日，校党委研究决定成立滁州师专南校区建设指挥部。

2002年8月27日，南校区首期工程竣工启用，2540名学生正式入住。南校区与教学大楼遥相对应的实验楼、图书馆、风雨操场在2005年建成投入使用。

2004年5月，学校经国家教育部批准升格为省属全日制普通本科院校，更名为滁州学院。滁州学院首批6个本科专业，当年首次招收500名本科生。

2005年，滁州学院新增6个本科专业，其中，部分专业首次面向新疆、江苏等省区招生，这是滁州学院建校以来首次面向全国招生。

2014年，入选“安徽省地方应用型高水平大学”建设学校。

2019年11月，滁州学院凤阳花鼓传承基地入选《2019年全国普通高校中华优秀传统文化传承基地名单》。12月，滁州学院与华为技术有限公司签署校企合作框架协议。

2020年3月，入选“应急安全智慧学习工场（2020）”暨应急管理学院建设首批试点学校。

2022年10月28日，滁州学院党委书记毕明福，党委副书记、院长郑朝贵为学校老年大学揭牌，滁州学院老年大学正式成立。

2024年11月23日，安徽省委教育工委、滁州市委市政府等共同为“人工智能学院”揭牌。12月，人工智能学院（应急管理学院）正式成立。

2025年1月7日，滁州学院附属小学、滁州学院产业创新中心揭牌仪式举行。