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1932年，由国立北平研究院和北平中法大学合作创建国立北平研究院药物研究所。

1933年，国立北平研究院药物研究所迁至上海。

1950年3月，并入中国科学院有机化学研究所，为药物化学研究室。

1953年，成立中国科学院药物研究所。

1955年，开始研究生培养工作。

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人员编制

截至2014年底，上海药物所共有在职职工778人，其中科技人员548人、科技支撑人员116人，包括中国科学院院士3人、中国工程院院士3人、研究员及正高级工程技术人员101人、副研究员及高级工程技术人员126人，共有万人计划1人，“新世纪百千万人才工程” 11人，国家杰出青年科学基金获得者21人， “优青”7人。

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科研成果

2022年12月26日，sim0417为先声药业与中国科学院上海药物研究所、武汉病毒研究所联合开发的3cl靶点新冠治疗口服药，于2022年3月28日通过特别审批程序获得国家药监局临床批件，并被纳入国务院联防联控机制科研攻关重点目录。

获奖概况

根据2016年3月研究所官网显示，建所80年来，药物所共获得各类科研成果奖170余项，其中国家三大奖20项，全国科学大会奖等奖励21项，省部级奖90项。

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学科建设

根据2016年3月研究所官网显示，中国科学院上海药物研究所研究生培养工作开始于1955年，是中国科学院研究生培养工作开展最早的单位之一。1981年被国务院学位委员会批准为首批有机化学专业、药理学专业硕士、博士学位及微生物学专业硕士学位授予单位。1994年被国务院学位委员会批准为“开展自行审定、审批博士生指导教师”的试点单位。1996年，在国务院学位委员会组织的全国有机化学专业博士学位论文抽查评比中，研究所名列第二。1998年被中国科学院批准为博士生重点培养基地。2000年经国务院学位委员会批准，获得药学一级学科博士学位授予点。

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所徽

中国科学院上海药物研究所标识如右图所示：

释义：1·标识以象征生命的绿色为基础，以药物研究所化学、生物学两大学科以及实验技术为要素，以中国书法的用笔为表现形态，主要含义：

2·构图两侧呈环形运动状，象征在药物研究领域化学与生物学的不断发展与融合。

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现任领导

历任领导

2015年2月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第四届全国文明单位”荣誉称号。

2021年12月15日，全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室公示中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室、中国科学院上海药物研究所抗新冠肺炎应急药物研发攻关团队为全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体拟表彰对象。