一、崇明区发展和改革委员会内设11个机构：

（一）办公室

（二）发展规划科

（三）产业发展和经济运行科

（四）社会发展和信用建设科

（五）行政许可科

（六）项目管理科

（七）生态建设推进科

（八）能源管理科

（九）环境保护和资源节约科

（十）价格管理科

（十一）收费管理科

二、崇明区发展和改革委员会下属事业单位：

上海市崇明区发展研究中心

（内设综合科、调研科、经济发展科3个科室）