根据上述职责，市交通运输局设7个内设机构：

（一）办公室

综合协调局机关日常政务；起草重要材料和综合性文件，负责有关重要会议的组织；负责文秘、综合调研、政务公开、政务信息、督查、机要、保密、信访、档案、修史编志和机关后勤行政管理、接待工作；负责局机关及指导直属单位的安全、保卫工作。

（二）行政审批科

根据授权，统一受理、承办局机关行政许可、行政服务等事项；监管、组织、协调所属单位集中统一受理、承办相关行政许可、行政服务、年审年检、行政事业性收费等事项。

（三）政策法规科

负责交通运输行业政策、法规的研究、咨询工作；制定贯彻执行国家、省有关交通运输政策、法规的实施办法并组织实施；承担局机关有关规范性文件的合法性审核和管理工作；承办相关行政执法、行政复议和行政应诉工作；负责局机关和指导所属单位普法教育、执法人员培训管理、社会治安综合治理工作；负责全市公路、水路治理“三乱”工作。

（四）计划基建统计科

组织编制全市综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织编制、报审公路、水路、站场、码头等交通运输设施年度投资计划并监督实施；负责公路、水路建设项目立项、工程可行性研究、初步设计、施工图设计等的审查、报批工作；负责公路水毁补助经费的核定工作；负责交通运输行业统计、调查、预测、信息引导工作。

负责全市公路、水路交通基础设施建设的管理和监督工作；负责管理和监督全市公路、水路交通建设市场，维护平等竞争秩序；负责对公路、水路交通建设工程招投标实施管理与监督；负责组织实施市级以上公路工程项目建设；监督管理公路、水路交通建设工程质量和定额、造价控制、竣工验收等有关工作。

（五）财务审计科

负责指导、监督全市交通运输行业的财务会计工作；承担局机关财务会计工作；组织制定有关规章制度并监督执行；负责交通国有资产管理和交通投、融资管理工作；负责交通基础设施产权转让的审查、报批工作；负责交通运输系统内部审计工作。

（六）安全运输科技监督科

监督全市道路、水路运输、公路水路工程建设和已运营交通基础设施按安全生产相关政策、法规实施；承担有关交通运输企业和有关建设工程、企业安全生产监督管理工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作。

负责全市道路、水路客货运输（包括公共汽车、城市出租汽车、旅游客车运输和大件、危险货物运输等）和车船修造、搬运装卸、运输服务市场的行业管理；负责全市汽车综合性能检测、机动车驾驶员培训的行业管理；按规定承担物流市场有关管理工作；组织拟订交通科技发展规划和计划；归口管理交通运输行业的标准、计量、科技信息和学会工作；指导全市交通运输行业节能减排工作。

（七）政工科

负责局机关和指导直属单位干部人事、劳动工资、机构编制、职工养老保险和医疗保险、人事档案、职工教育、考工定级、计划生育管理工作；按干部管理权限，承办考核、培训、任免、奖惩、调配局机关和直属单位领导干部和工作人员有关事宜；负责局机关和指导直属单位退（离）休人员管理、服务工作；指导交通行业精神文明建设工作；归口管理党务、工会、共青团工作。

机关党组织按章程设置。

纪检（监察）机构按有关规定设置。