根据上述职责，市审计局设12个内设机构。

（一）办公室（审计技术科）

负责机关日常工作的协调和督办；负责文电、会务、机要、财务、档案等机关日常运转工作；负责来信来访、政务公开、安全保密、综合治理、维护稳定工作；为审计信息化提供计算机技术支持，配合审计业务科室开展计算机审计技术服务；指导和推广信息技术在全市审计系统的应用；承担审计机关实施管理系统和现场审计系统建设的有关工作；组织开展信息系统审计和联网审计；组织、协调、指导全市审计系统“金审工程”项目实施工作；负责人大代表建议、政协委员提案办理工作；负责机关后勤服务管理、接待工作。

（二）人事科

负责局机关和直属单位的机构编制、劳动工资、人事管理等工作；负责局机关和直属单位纪检、监察工作；承办协管县市区审计机关负责人任免的有关事项；组织、指导审计系统的人才队伍建设规划、教育培训和精神文明建设；负责局机关离退休人员管理、服务工作。

（三）综合计划科

负责拟订、调整、下达中长期和年度审计计划，组织检查年度审计计划完成情况，对计划执行情况进行定期分析；负责建立局辖被审计对象的基本情况数据库；负责对审计对象进行必审性及可行性调研和论证；负责办理授权审计计划并检查完成情况；负责全市审计统计工作并对统计数据进行定期分析研究；负责审计成本管理和审计项目招标工作；负责综合调研及综合性材料起草工作；负责审计信息、宣传等工作。

（四）内部审计指导科

拟订内部审计发展规划；指导和监督有关单位和部门内部审计工作，检查评价内部审计工作质量；开展内部审计信息及经验交流工作；指导审计学会工作。

（五）审理科（法制科）

负责审计项目的审理工作；参与审计业务科室征求被审计单位意见的有关会议；负责对审计业务科室移交的审计资料在事实、证据、定性、审计处理处罚、审计程序、审计评价、审计建议等方面进行审理并提出书面审理意见；负责审计业务会议的会务工作；负责草拟审计报告以外的其他审计结论性文书；指导全市审计机关的审计复核和审理工作；负责审计法律法规的宣传教育检查工作；负责行政复议、行政应诉、行政赔偿等工作；组织实施审计项目质量检查，加强机关审计业务内部监督；会同办理重大审计质量问题的调查处理工作，提出审计质量责任追究意见；核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告的质量。

（六）审计查证一科、审计查证二科、审计查证三科、审计查证四科、审计查证五科

组织审计市本级预算执行情况和其他财政收支情况；组织审计区人民政府预算执行、决算、其他财政收支情况；组织审计市级行政事业单位财政财务收支情况；组织审计国有或国有资本占控股地位的金融机构资产、负债、损益；组织审计市属国有企业或市人民政府规定的国有资产占控股地位企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支情况和相关绩效情况；组织审计市人民政府主管部门、县市区人民政府管理和其他单位受市人民政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金；组织审计由市人民政府主管部门管理和受市人民政府委托由社会团体管理以及县市区人民政府管理的农林水利、扶贫开发、农业综合开发、资源环保等资金的筹集、管理和使用情况；按照湖南省审计厅的授权，组织审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支情况及相关绩效情况；组织开展相关专项审计调查；指导全市财政、社会保障、农业、资源环保、外资运用等审计业务。

（七）审计执行科

承担审计执行事项数据库的建设及维护工作；负责审计结论性法律文书的送达和审计决定的执行；负责审计移送处理事项和审计建议事项以及自行纠正事项的跟踪落实；负责检查督促落实被审计单位对审计查出问题的整改；负责办理申请法院强制执行事项；负责审计执行情况的统计分析，研究和协调审计执行的相关问题；指导全市审计机关的审计执行工作。

（八）市领导干部经济责任审计局

依据有关规定负责对市管党政领导干部、市属副处级以上事业单位负责人、市管国有或国有控股大中型企业、社会团体负责人、县市区审计局负责人的任期经济责任审计、离任审计和县处级后备干部的任前审计；起草全市经济责任审计工作情况综合报告；承担市领导干部经济责任审计工作领导小组办公室的日常工作；指导领导干部任期经济责任审计业务。

机关党委。负责局机关的党群工作。

工会。负责局机关的工会工作。