1898年，京师大学堂成立时，设有经济学课程。

1902年，在预备科所辖之政科内设立商学科，

1909年，正式设商科，为分科大学之一科。

1912年，京师大学堂改名国立北京大学，始建经济学门（系）。

1919年，经济学门改为经济学系。

1985年，北京大学经济学院建立，下设经济学、世界经济、经济管理三个系。

1993年，成立风险管理与保险学系。

1998年，经教育部批准，成为“国家经济学基础人才培养基地”。

2014年，学院开始进行研究生招生结构的优化调整，将学术型人才培养定位于招收培养博士研究生，应用型人才培养定位于招收培养“专业学位”研究生，不再单独招收全日制学术型硕士研究生。

2019年9月，成立经济史学系。

2024年3月30日，北京大学经济学院石家庄教育科研基地在石家庄市无极县正式揭牌。

2025年4月20日，北京大学经济学院与广州国资国企举办产才融合交流会并签订战略合作协议。