根据上述职责，自治州实验中学设5个内设机构（相当于科级）：

一办公室。

组织协调学校的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、校务信息、校务公开、组织人事、固定资产、财务、档案、保密、信访、老干等工作；负责学校精神文明、计划生育、综合治理、效能建设等工作；负责管理学校医务室。

二教务处。

拟订学校教学发展规划、工作计划，组织开展教育教学工作；负责考务工作的组织实施；负责教师业务培训、业绩考核评估、业务档案管理工作；负责对各教学部门的教学环节进行指导、监督、评估和综合考核；负责学生的学籍管理、教师选聘、新任教师考核；负责学校实验室、图书室的管理工作；负责学生的心理咨询工作。

三政教处。

负责学生、教职工的思想政治工作，拟订德育工作规划、计划并组织实施；负责班主任、学生会工作，指导共青团工作；负责对学生工作的检查、指导、考评工作；负责学生助学金及其他各项资助经费的管理工作；负责学生的评先树优、纪律处分等奖惩管理工作；负责校园文化建设；负责住宿学生的管理工作；负责家校双方联系和家长学校工作；负责对师生开展安全、消防、交通、法制等方面的教育。

四教研室。

负责教育教学研究工作，拟订教育教学研究规划、计划并组织实施；协助开展教师业务和理论知识的学习培训；组织和指导开展教研活动；负责学生课外兴趣小组等工作。

五总务处。

负责学校后勤服务与保障工作；负责学校基建项目立项、招标、设计、预算、工程质量的监督管理与验收等工作；负责学校财务资产管理；负责学校安全管理工作，维护正常的校园秩序，及时处理突发事件，拟订应急预案；负责管理学生食堂；负责勤工俭学工作；负责校园绿化美化的规划、实施和管理工作。