近年来，医院获得“全国文明单位”、“全国三八红旗集体”、“北京市先进基层党组织”、“首都文明单位标兵”、“北京市抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“北京市三八红旗集体 ”等多项荣誉。

2020年9月，被中共北京市委、北京市人民政府评为：北京市抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2020年11月，北京怀柔医院入选“第六届全国文明单位名单”。

2021年2月18日，被全国妇联组织被公示为“2020年度全国三八红旗手（集体）”拟表彰对象。

2021年6月，北京怀柔医院党委被授予“北京市先进基层党组织”称号。

2021年6月28日，北京怀柔医院党委被公示为“怀柔区先进基层党组织”表彰对象。

2022年4月，荣获2022年首都劳动奖状。

2023年11月，北京怀柔医院二期扩建工程（医疗综合楼等7项）入选2022～2023年度第二批中国建设工程鲁班奖（国家优质工程）。