1941年，北京大学药学院成立，它的前身是北京大学中药研究所。

1943年，北京大学医学院药学系建立。

1952年，医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系。

1985年，更名为北京医科大学药学院；

2000年4月，更名为北京大学药学院。曾设本草、制药、药学、药检、药物化学、生药学、应用化学（医药）、药理学等专业，现设药学专业（六年制本硕连读）。

2007-2008年，药学专业被批准为国家级、北京市级高等学校特色专业建设点，

2008年，北京大学药学院被批准为“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”（简称理科基地）药学专业点。

2009年，由外交部和国家中医药管理局牵头、国家七部委联合推动的中国中华医药国际交流中心项目（波恩项目）选定北京大学药学院作为主要的技术合作单位。

2010年，学院药学硕士专业学位通过了国务院学位委员会的审批，将于2011年正式招收药学专业学位硕士研究生。药学院中药分析学科被评为国家中医药管理局中医药重点学科。