北京大学校友会的历史最早可以追溯到1919年，也就是在京师大学堂成立21年，京师大学堂改称北京大学后7年，以万兆芷为会长的“北京大学留美同学会”在纽约成立，以“增进同学友谊，交换专门知识”为宗旨。这是北大的第一个校友组织，是北大校友会发展史的源头。上世纪20年代，北大校友组织是从美国、从欧洲延伸到上海、北京、南京等地，此时期的北大校友活动相当活跃，但是处在自发零散的状态，组织不健全，规模不大且力量分散，对校友的服务能力也有限。建国以后到改革开放前后的30多年中，校友会在很长一段时间内处于沉寂之中。

1984年5月4日，北京大学校友会作为正式的全国性的独立社团组织成立了。1992年北京大学校友会正式在民政部注册，成为独立社团法人。1999年北京大学百年校庆之后，校友会成立了常设的秘书机构，在北京大学教育基金会下设校友工作部。21世纪以来，学校把校友工作摆在更加突出的位置，充分利用学校资源，不断加强与广大校友的联系，竭诚为校友事业发展提供更多、更大的支持。

2010年10月，在第七届理事会的大力推动下，学校审时度势，组建了独立的校友工作办公室，与北京大学校友会秘书处合署办公，既是北京大学正处级职能部门，又是独立社团法人的秘书机构，为北京大学校友会在新时期的快速发展注入了全新的活力，北京大学校友工作打开了全新的局面。

2012年6月，北京大学校友会联系校内相关单位共同发起“北京大学创新创业扶持计划”，旨在服务国家“创新驱动发展”及“大众创业、以创业带动就业”两个核心发展战略。计划充分依托北京大学教育优势、研究实力和校友资源，提出“创业教育、创业研究、创业孵化、创投基金”四位一体综合扶持创业的理念，以实际行动帮扶创新创业企业的健康发展。2013年9月25日，“北京大学创新创业扶持计划”揭牌。

北京大学校友会发起全公益开放创业教育平台——北京大学创业训练营，依托北京大学的教育资源、研究资源、校友资源，通过实战与行业理论相结合的创业培训、全链条的创业孵化，为创业者提供理论、技术、资金、场所等全方位的服务与支持。