根据上述职责，重庆市北碚区水利局内设8个职能科（室）：

（一）局办公室

协助局领导对各科室工作进行综合协调，组织机关日常工作；负责文秘、信息、督办、档案、信访、机要、保密、新闻宣传和重大会议的组织工作；负责机关规章制度的建设和安全保卫工作。

（二）财务统计科

承担全区水利行业财务、会计的监督责任；指导全区水利系统财务、会计管理规章制度建设及财会队伍建设；负责监督实施有关财务方面的政策、法规，并拟定相关制度和办法；负责衔接中央、市和区级水利资金拨付，对各项水利资金使用进行宏观调节、综合管理和财务统计工作；负责局机关财务及资金的管理，指导直属单位的财务管理；监督管理水利系统的国有资产，确保其保值增值；负责水利行业行政事业性收费的管理工作。

（三）水行政执法大队（撤销水利监察科）

负责宣传贯彻水利法律、法规；依法保护水资源、水土资源、保护水域、水利工程和其他有关设施，维护正常水事秩序；负责全区水事活动的监督检查，对水事纠纷及违反水法规的行为依法作出行政处理、行政处罚或采取其他行政措施；承办行政复议、应诉、赔偿等具体工作；配合司法机关查处水务治安、刑事案件等。

（四）水利科（挂区政府农田水利基本建设办公室和农村改水办公室牌子）

负责全区水利发展规划的编制，制定年度计划并组织实施；负责全区水利工程的立项审批和管理，负责水利工程建设质量的监督检查；负责区政府农田水利基本建设办公室的日常工作；负责水利行业的技术推广和教育培训工作；负责管理指导各镇供水、农村饮水安全工程；指导全区水利行业的多种经营工作；研究提出有关全区水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见，指导水利行业的安全生产工作。

（五）河道管理科

贯彻执行有关河道管理工作的法律、法规、方针；负责全区河道及其岸线的管理与保护；组织管理全区江河、湖泊、滩涂的治理和开发；负责全区涉河建设项目的初审和河道管理范围内开采砂石土的管理。负责依法征收砂石资源费。

（六）水土保持科

宣传、贯彻和实施水土保持法律、法规、方针和政策；负责依法征收水土流失防治费、水土保持补偿费；归口管理全区水土保持生态环境建设工作；组织编制水土保持各项规划；制定水土流失防治工程技术标准及组织有关技术培训；主管水土流失监测、生态环境监测工作；依法协助查处辖区内水土保持违法行为；审批全区生产开发建设项目的水土保持方案，并监督实施和开展工程竣工验收；组织实施辖区内水土流失综合治理工作。

（七）区防汛抗旱指挥部办公室（以前挂牌在河道管理科，市水利局要求进行“三定”，全市大多数区县已独立）

执行上级防汛抗旱指挥部的决定及命令，承办区防汛抗旱指挥部的日常工作；组织指导各镇、街道办事处的防汛抗旱工作；负责区防汛抗旱指挥系统和信息系统的建设和管理；统计、收集、传递和发布汛情旱情、灾情；统一调控和调度全区蓄水工程设施的水量；指导编制防汛、抗旱和江河水域防洪预案及水利设施度汛、抢险、分洪方案；负责江河防洪工程、度汛应急工程、震损、水毁工程和河道清障计划的审批并监督实施；组织管理、检查汛期抢险队伍；负责防汛抗旱服务体系建设，制定防汛抗旱物资储备计划，会同有关部门向国家申请防汛抗旱经费，提出资金安排方案并监督管理。

（八）三峡移民办公室（以前挂牌在河道管理科，市移民局要求进行“三定”，全市大多数区县已独立）

贯彻执行国家关于三峡工程移民工作的方针、政策和法律、法令；负责组织编制移民安置规划、库区开发规划和三峡后续规划建设工作，组织实施移民安置规则和年度投资计划；负责综合协调解决移民工作中的重大问题；负责移民工作的宣传、教育、科技、外事等工作；指导、检查、督促有关镇（街）、单位的移民工作；负责移民资金管理，负责移民资金的监督和内部审计，保障移民资金的安全和有效使用；负责移民后期扶持工作；负责对辖区三峡水库综合管理；承办上级主管部门和区委、区政府交办的其他工作任务。