根据以上职能调整，重庆市北碚区水利局的主要职责是：

一、贯彻执行《水法》、《防洪法》、《水土保持法》、《水污染防治法》以及相关的法规、条例，结合实际制定有关水利法律法规的实施细则和规范性文件，并监督实施。根据全区经济社会发展总体规划和战略目标，拟定全区水利发展战略中、长期规划和年度计划，并组织实施；负责水利项目前期工作。

二、负责全区水资源（含地表水、地下水）的统一规划、管理、调度、协调和保护及其开发利用工作。组织制定全区水资源总体规划、流域规划和专业规划；

三、编制全区计划用水、节约用水规划，制定有关标准；组织指导和监督计划用水、节约用水工作。

四、根据国家资源和环境保护的有关法律、法规和标准，拟定全区水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河、水库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的政策建议，并监督实施；负责饮用水源保护工作。

五、负责全区水政监察和水行政执法，协调并仲裁镇街间、部门间重大水事纠纷，查处水事违法案件；负责行政诉讼、应诉工作。

六、拟定水利行业经济调节措施；对水利资金的使用进行调节、管理、监督、审计；指导全区水利行业多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见；负责行业国有资产的监督及局机关和直属单位国有资产的管理。

七、组织全区水土保持工作，研究制定水土保持工程措施规划并组织实施；组织水土流失的监测和综合防治工作。组织审批开发建设项目水土保持方案，负责征收水土保持防治费、水土保持设施补偿费；依法查处辖区内水土保持违法行为。

八、组织制定河道的综合开发利用和防治水害规划；审查河道管理范围内的工程建设方案，确定河道防洪标准，制定并监督实施河道的防洪调度方案；拟定河道的清障计划和实施方案，并督促实施；组织全区河道采砂许可制度的实施及河道采砂管理费的征收。

九、承担区防汛抗旱指挥部的日常工作；组织、协调、监督、指导全区防洪抗旱工作；负责汛情、墒情测报；对江河和重要水利工程实施防洪抗旱调度。

十、负责水利的科技工作；组织水利行业科学研究和技术推广，贯彻执行水利行业技术质量标准和规程，推动行业进步。负责全区水利的对外经济技术合作与交流，技术和智力人才引进工作。

十一、贯彻执行国家和市三峡移民工作的有关法律、法规和方针、政策；负责全区移民资金、移民项目的监督管理；牵头负责全区三峡工程后续建设规划，并组织实施完成包干内资金补偿工作；负责大中型水库移民后期扶持相关工作。

十二、完成区委、区政府交办的其它事项。