根据上述职责，市财政局设23个内设机构。

办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；负责信息、新闻、安全保密、信访、政务公开等工作；承担机关和直属单位的财务、政府采购、国有资产管理等工作；负责机关和直属单位退休人员工作；负责局工会日常工作。

综合科

研究提出有关的收入分配政策和改革方案的建议；参与国有土地出让收入的征收管理；管理住房改革资金及有关机构财务；负责管理廉租住房保障专项补助资金；承担彩票管理的有关工作；负责政府非税收入管理政策；负责行政事业性收费管理工作；指导财政票据管理工作；负责综合性财政统计及分析工作。

预算科

研究提出财政政策、财政体制、预算管理制度和中长期财政规划的建议；编制年度市预决算草案和办理预算追加事宜；承担市本级部门预算审核、批复、调整工作；承担市本级部门支出标准体系建设及项目库管理工作；负责财政转移支付工作；负责地方政府性债务管理工作；研究建立财政支出绩效评价指标体系。

国库科

监督执行金库管理制度和总预算会计、行政单位会计制度；负责市本级财政资金调度；组织预算执行及分析预算执行情况；管理财政总会计核算、财政总决算和部门决算；管理市本级财政和预算单位的银行账户；负责国债的兑付管理，以及地方政府债券的发行、兑付管理工作；组织实施国库管理制度、国库集中支付制度；承担国库现金管理的有关工作。

行政政法科

承担行政、政法等方面的部门预算和财务管理有关工作，研究提出相关财政政策建议；监督执行行政单位通用的财务管理制度；承担政法经费保障体制改革的具体工作。

教科文科

承担教育、科技、文化等方面的部门预算和财务管理有关工作，研究提出相关财政政策建议；监督执行事业单位通用的财务管理制度；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作；承担市本级国有文化企业资产与财务管理的有关工作。

经济建设科

承担发展改革、国土、交通、建设、环保等方面的部门预算和财务管理有关工作，研究提出相关财政政策建议；监督执行基本建设财务管理制度；承担市本级预算内固定资产投资项目的财务管理工作；承担市本级财政投资评审管理工作。

社会保障科

承担人力资源和社会保障、民政、卫生等方面的部门预算及财务管理有关工作，研究提出相关财政政策建议；管理社会保障和就业等资金；承担社会保险基金预决算工作；监督执行社会保障资金（基金）管理办法和财务管理制度；承担社会保险基金财政监管工作。

农业科

承担农业、林业、水利、气象、扶贫、农机、水产畜牧兽医、农业园区、水库移民等方面的部门预算及财务管理有关工作，研究提出相关财政政策建议；监督执行财政支农资金（基金）管理办法和财务管理制度；参与管理财政支农资金、财政扶贫资金和重要救灾防灾资金。

农村财政财务管理科

（市农村综合改革工作领导小组办公室）

监督执行农村综合改革规划、方案和重大政策，指导和推动农村综合改革工作；指导农村财政财务管理工作；参与财政涉农资金的监督检查；协助有关涉农财政政策的落实；承办市农村综合改革工作领导小组的具体工作。

农业综合开发办公室

监督执行农业综合开发规范性文件及项目、资金、财务管理制度；编制农业综合开发规划，组织实施年度项目计划；管理和筹集农业综合开发资金；检查项目计划实施情况和组织项目竣工验收；编制农业综合开发财政资金的年度决算。

企业科

承担工业信息、国有资产管理、安全生产、商贸、供销、粮食等方面的部门预算和财务管理有关工作；负责国有资产收益收缴和分配管理工作；研究支持工业和信息产业、交通运输、商业、粮食、外贸、供销、物资等企业改革和发展的财政政策建议并组织实施；监督执行企业财务制度及企业财会报告编制办法。

金融管理科

指导、管理和监督地方商业银行、农村信用社等地方金融机构的财务管理工作；管理国际金融组织、外国政府贷（赠）款；负责贷（赠）款的项目管理工作；组织实施地方国有及国有控股金融企业的绩效评价；管理地方金融企业国有资产产权；承担政府外债、政策性金融业务及资金的管理工作；拟订有关涉外的财政政策；承办国际国内区域经济合作中对外财经交往有关的事宜，组织推进国际组织与各专业部门参与合作；参与研究拟订金融、保险和证券政策；承担行政事业单位非贸易非经营性用汇管理工作。

会计管理科

组织实施国家统一的会计准则制度、内部控制规范、注册会计师行业规章制度、会计信息化标准，拟订有关实施细则和管理办法；承担会计从业资格、代理记账机构和会计专业技术资格管理工作；协助管理会计师事务所和注册会计师相关工作；指导和监督会计信息化工作。

法规税政科

组织起草财税规范性文件草案；负责依法行政考核和规范性文件合法性审核；承担行政复议和国家赔偿费用管理；组织行政处罚听证及行政复议、行政应诉；贯彻税收政策和管理地方税政；提出全市涉外税收政策；参与税制改革和关税管理；承担税源调查分析工作；负责退税审核、高新技术企业等资格认定有关工作；开展财政普法工作。

政府采购监督管理科

组织起草政府采购管理制度和政府采购监督管理的实施办法草案；负责政府采购代理机构、评审专家、采购合同、从业人员的监督管理和培训工作；参与市本级政府采购预算（计划）的编制，负责采购预算管理执行的监督和管理；监督检查、受理和处理供应商投诉。

非税收入征收管理科

负责市本级政府非税收入征收管理、日常监督和专项稽查工作；管理市本级政府非税收入退库和退户；参与政府非税收入项目管理、综合预算编制改革、账户管理、票据管理等工作。

行政事业单位国有资产管理科

执行行政事业单位国有资产管理规章制度；承担市本级行政事业单位国有资产配置、使用、处置和产权变动的有关工作，监督管理国有资产收益；对行政事业单位国有资产管理工作进行监督、检查。

财政监督检查科

组织起草财政监督检查的规范性文件和管理制度草案；监督检查财税法规、政策执行，监督检查会计信息质量，依法查处违法行为，提出改进完善财税法规和财务制度的意见和建议；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；组织单位内部财务监督工作。

小汽车定编办公室

负责全市党政、人大、政协机关、社会团体、法院、检察院、事业单位和国有企业、国有控股企业以及中央和自治区驻百色市的单位小汽车定编的审核和管理工作。

行政审批办公室

进驻市政务服务中心，负责受理会计代理记账机构执业资格和会计从业资格审批等行政审批事项；负责受理小汽车定编及小汽车定编证年审、政府采购公开招标以外方式的审批、政府采购合同备案、政府采购评审专家资格审核登记、预算单位政府采购计划审批等非行政审批事项。

纪检监察室

负责贯彻落实上级党委纪委关于党风廉政建设决定和有关行政监察工作决定；负责党纪政纪的宣传教育工作；监督机关和直属单位工作人员执行国家法律、法规、政策、计划和政令的情况。

人事科

承担机关和直属单位的机构编制、人事和工资管理工作；拟订并组织实施财政系统教育培训规划，指导财政干部教育工作。